Kuvausjärjestelmä kudosnäytteen esikäsittelyn dokumentointiin
Tolonen, Petteri (2019)
2019
Tietotekniikka
Informaatioteknologian ja viestinnän tiedekunta - Faculty of Information Technology and Communication Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2019-05-20
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tty-201905031467
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tty-201905031467
Tiivistelmä
Patologian laboratoriossa kudosnäyte käy läpi monivaiheisen prosessin. Esikäsittelyvaiheessa kudosnäytteestä leikataan tarvittaessa pienempiä paloja, jotka päätyvät lopulta näytelaseiksi ja mikroskoopilla katseltaviksi. Useissa suomalaisissa patologian laboratorioissa käytetään yhä alkeellisia työkaluja kudosnäytteen esikäsittelyvaiheen dokumentointiin. Yleensä tämä tarkoittaa kaaviokuvan piirtämistä sanallisten kuvausten lisäksi. Tällainen dokumentaatio on parhaimmillaankin epätarkka ja samanlaisen näytteen dokumentaatiossa on suuria eroja henkilöiden ja organisaatioiden välillä. 2000-luvulla digitalisoituminen on toden teolla alkanut myös patologian alalla ja erityisesti virtuaalimikroskopia, eli näytelasien digitointi ja katseleminen verkon yli yleistyy nopeasti. Myös siirtymä digitaalisiin esikäsittelyvaiheen kuvausjärjestelmiin on käynnissä.
Tässä diplomityössä käsitellään kuvausjärjestelmän kehittämistä kudosnäytteen esikäsittelyvaiheen digitaalista kuvaamista ja dokumentointia varten käyttäen kuluttajaelektroniikkaa ja UWP-sovelluskehitysalustaa. Sovellus toteutetaan hybridisovelluksena, eli web-tekniikoita käyttäen, mutta käärittynä natiivisovellukseen. Projektin aikana arvoioidaan UWP-sovelluskehitysalustan ja yleisesti hybridisovellus-lähestymistavan soveltuvuutta kuvausjärjestelmän toteutukseen.
Työn lopputuloksena todetaan, että esikäsittelyvaiheen kuvausjärjestelmän toteuttaminen kuluttajaelektroniikasta on mahdollista, vaikka käyttökokemus ei ole kaikilta osin ihanteellinen. Järjestelmän hyviä puolia ovat kuvien laatu ja annotaatiotyökalut, mutta kameran WiFi-yhteyden takia viiveet esimerkiksi kuvan ottamisessa kasvavat toisinaan liian suuriksi. Projektin sivutuotteena syntyi myös kuvausjärjestelmä ruumiinavausten dokumentoimista varten, jonka toteutuksessa kameraongelmista päästiin eroon, koska WiFi-yhteyttä ei käytetty. Järjestelmä soveltui hyvin hybridisovelluksena toteutettavaksi. Olemassaolevaa web-ohjelmointiosaamista pystyttiin hyödyntämään, eikä toteutuksen aikana havaittu suorituskykyongelmia, jotka olisivat johtuneet lähestymistavasta. UWP-ympäristö web-tekniikoiden kanssa todettiin ongelmalliseksi projektin aikana vastaan tulleiden suoritus- ja kehitysympäristöjen ongelmien vuoksi. Visual Studio -kehitysympäristö ei soveltunut erityisen hyvin web-tekniikoiden kanssa käytettäväksi ja sen toiminta oli epävakaata. Lisäksi Windows-käyttöjärjestelmän päivitykset toivat esiin sovelluksen suoritusympäristön bugeja, jotka rikkoivat sovelluksen.
Tässä diplomityössä käsitellään kuvausjärjestelmän kehittämistä kudosnäytteen esikäsittelyvaiheen digitaalista kuvaamista ja dokumentointia varten käyttäen kuluttajaelektroniikkaa ja UWP-sovelluskehitysalustaa. Sovellus toteutetaan hybridisovelluksena, eli web-tekniikoita käyttäen, mutta käärittynä natiivisovellukseen. Projektin aikana arvoioidaan UWP-sovelluskehitysalustan ja yleisesti hybridisovellus-lähestymistavan soveltuvuutta kuvausjärjestelmän toteutukseen.
Työn lopputuloksena todetaan, että esikäsittelyvaiheen kuvausjärjestelmän toteuttaminen kuluttajaelektroniikasta on mahdollista, vaikka käyttökokemus ei ole kaikilta osin ihanteellinen. Järjestelmän hyviä puolia ovat kuvien laatu ja annotaatiotyökalut, mutta kameran WiFi-yhteyden takia viiveet esimerkiksi kuvan ottamisessa kasvavat toisinaan liian suuriksi. Projektin sivutuotteena syntyi myös kuvausjärjestelmä ruumiinavausten dokumentoimista varten, jonka toteutuksessa kameraongelmista päästiin eroon, koska WiFi-yhteyttä ei käytetty. Järjestelmä soveltui hyvin hybridisovelluksena toteutettavaksi. Olemassaolevaa web-ohjelmointiosaamista pystyttiin hyödyntämään, eikä toteutuksen aikana havaittu suorituskykyongelmia, jotka olisivat johtuneet lähestymistavasta. UWP-ympäristö web-tekniikoiden kanssa todettiin ongelmalliseksi projektin aikana vastaan tulleiden suoritus- ja kehitysympäristöjen ongelmien vuoksi. Visual Studio -kehitysympäristö ei soveltunut erityisen hyvin web-tekniikoiden kanssa käytettäväksi ja sen toiminta oli epävakaata. Lisäksi Windows-käyttöjärjestelmän päivitykset toivat esiin sovelluksen suoritusympäristön bugeja, jotka rikkoivat sovelluksen.