Life Science Software Framework Alternatives in Resource Scarce Context

Abstract

Feature rich applications need to be delivered rapidly given the lean structure of many businesses today. Recently the number of available customizable existing software solutions has increased, enabling even small development teams to deliver complex solutions. However, small development teams still face serious risk of failure if unexpected limitations in modifiable off-the-shelf software prevent sustainable solution to business problems. This thesis introduces a new method for evaluating available customizable existing software in the context of a small development team. As a real-life example a complex whole slide imaging feature is developed into web-based life sciences research application. The introduced evaluation method is used for evaluating different implementation approaches and different whole slide imaging solutions. Finally one solution is picked and integrated with the research application and the suitability of the evaluation method is evaluated. The evaluation method introduced in this thesis helps utilizing small development teams’ limited resources to build complex software. The method can be generalized to be used to any development teams use, regardless the team’s size and to any software project, regardless the nature of the software.

Monien yristysalojen luonne vaatii, että sovelluksia täytyy toimittaa aina vain nopeammin tinkimättä ohjelmiston ominaisuuksien määrästä. Viimeaikainen valmiiden muokattavissa olevien ohjelmistoratkaisujen määrän kasvu on mahdollistanut pienehköjen kehitystiimien toimittaa monimutkaisia ohjelmistojaratkaisuja, käyttäen hyväksi jo olemassa olevia ohjelmistoratkaisuja. Pienet ohjelmistokehitystiimit ottavat kuitenkin riskin, sillä muokattavissa olevat valmiit ohjelmistoratkaisut saattavat sisältää odottamattomia rajoitteita, jotka estävät kestävien ohjelmistoratkaisujen kehittämisen. Tässä opinnäytetyössä esitellään pienille ohjelmistokehitystiimeille sopivaa uutta arviointimenetelmää, jota käytetään arvioimaan valmiita muokattavissa olevia ohjelmistoratkaisuja. Opinnäytetyön esimerkkitapauksessa toteutetaan virtuaalimikroskopiaominaisuus olemassa olevaan verkkopohjaiseen biotieteiden tutkimussovellukseen. Esitettyä arviontimenetelmää käytetään erilaisten ohjelmistokehitystapojen sekä valmiiden virtuaalimikrosopiaohjelmistojen arvioimiseen. Lopuksi yksi ohjelmistoratkaisuista valitaan ja integroidaan tutkimussovelluksen kanssa sekä arviointimenetelmä sopivuus arvioidaan. Tässä opinnäytetyössä esitetty arviointimenetelmä auttaa hyödyntämään pienten ohjelmistokehitystiimien rajoitettuja resursseja monimutkaisen ohjelmistojen rakentamisessa. Arviointimenetelmä voidaan myös yleistää minkä tahansa ohjelmistotiimin käyttöön tiimin koosta riippumatta sekä minkä tahansa ohjelmistoprojektin käyttöön välittämättä ohjelmiston luonteesta.