Enterovirus infections and expression of IRF7 network genes in type 1 diabetic children
MÄNTYLÄ, TUOMAS (2014)
2014
Virologia - Virology
Lääketieteen yksikkö - School of Medicine
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2014-01-09
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201402171135
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201402171135
Tiivistelmä
Tyypin 1 diabetes (T1D) on krooninen autoimmuunisairaus, joka on seurausta haiman insuliinia tuottavien β-solujen selektiivisestä tuhoutumisesta. Nykytiedon mukaan sekä ympäristö- että perintötekijät vaikuttavat tämän kroonisen sairauden syntyyn. Enterovirusten aiheuttamien infektioiden ajatellaan olevan eräs merkittävimmistä ympäristön riskitekijöistä, jotka voisivat olla T1D:een johtavan autoimmuuniprosessin käynnistymisen taustalla. Tarkkaa diabeteksen kehittymiseen johtavaa mekanismia ei kuitenkaan vielä tunneta. Synnynnäinen immuunipuolustus toimii ensilinjassa kehon puolustamiseksi infektiota aiheuttavia patogeeneja, kuten viruksia, vastaan. IRF7-geeniverkoston geenit, kuten IRF7, OASL, OAS1 ja IFIH1, toimivat osana synnynnäistä immuunipuolustusta viruksia vastaan.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia enterovirusgenomin esiintymistä sekä neljän eri IRF7-geeniverkoston geenin (IRF7, OASL, OAS1 ja IFIH1) ilmentymistä tapaus-verrokkikohortissa. Kohortissa jokaista tapauslasta kohden oli kaksi verrokkilasta, tapaukset (n = 15) ja verrokit (n = 30) olivat kaltaistettu sukupuolen, syntymäajan, näytteenottoajankohdan, paikkakunnan ja HLA-DQB1 genotyypin mukaan. Kohortin tapaukset ovat lapsia, joille on syntymästä alkaneen seurannan aikana kehittynyt kliinisesti diagnosoitu T1D. Kohortin lapsilta kerätyistä perifeerisen veren mononukleaarisista soluista eristettiin totaali-RNA. Enteroviruksen RNA ja IRF7-geeniverkoston geenien ilmentyminen todettiin RT-PCR -menetelmällä. Enterovirusanalyyseissä templaattina käytettiin eristettyä totaali-RNA:ta ja geeniekspressio-analyyseissä lähetti-RNA:ta syntetisoitua cDNA:ta. Analysoitujen geenien ilmentymistasot laskettiin suhteessa 18S rRNA -ylläpitogeeniin.
Yksi tapausnäytteistä sekä yksi kontrollinäytteistä todettiin enteroviruspositiiviseksi. Näin ollen 1,45 % kaikista tutkimuksen tapausnäytteistä sekä 0,95 % kaikista kontrollinäytteitä oli enteroviruspositiivisia. Kaikista tutkituista näytteistä viruspositiivisia oli 1,15 %. Tutkimuksessa ei todettu merkittävää eroa analysoitujen geenien ilmentymisen suhteen tapausten ja kontrollien välillä. Joissakin kohortin näytteistä todettiin IRF7-geenin ilmentymisen väliaikainen nousu. Tämä voi olla seurausta esimerkiksi akuutista infektiosta verinäytteen ottohetkellä.
Yhteenvetona voidaan todeta, että tutkimuksessa ei löytynyt merkittäviä eroja tapausten ja kontrollien välillä enteroviruspositiivisuuden tai analysoitujen IRF7-geeniverkoston geenien ilmentymisen suhteen. Tutkimuksen tilastollista voimaa rajoittaa aineiston suhteellisen pieni koko ja tulos tulisi varmistaa laajemmassa aineistossa.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia enterovirusgenomin esiintymistä sekä neljän eri IRF7-geeniverkoston geenin (IRF7, OASL, OAS1 ja IFIH1) ilmentymistä tapaus-verrokkikohortissa. Kohortissa jokaista tapauslasta kohden oli kaksi verrokkilasta, tapaukset (n = 15) ja verrokit (n = 30) olivat kaltaistettu sukupuolen, syntymäajan, näytteenottoajankohdan, paikkakunnan ja HLA-DQB1 genotyypin mukaan. Kohortin tapaukset ovat lapsia, joille on syntymästä alkaneen seurannan aikana kehittynyt kliinisesti diagnosoitu T1D. Kohortin lapsilta kerätyistä perifeerisen veren mononukleaarisista soluista eristettiin totaali-RNA. Enteroviruksen RNA ja IRF7-geeniverkoston geenien ilmentyminen todettiin RT-PCR -menetelmällä. Enterovirusanalyyseissä templaattina käytettiin eristettyä totaali-RNA:ta ja geeniekspressio-analyyseissä lähetti-RNA:ta syntetisoitua cDNA:ta. Analysoitujen geenien ilmentymistasot laskettiin suhteessa 18S rRNA -ylläpitogeeniin.
Yksi tapausnäytteistä sekä yksi kontrollinäytteistä todettiin enteroviruspositiiviseksi. Näin ollen 1,45 % kaikista tutkimuksen tapausnäytteistä sekä 0,95 % kaikista kontrollinäytteitä oli enteroviruspositiivisia. Kaikista tutkituista näytteistä viruspositiivisia oli 1,15 %. Tutkimuksessa ei todettu merkittävää eroa analysoitujen geenien ilmentymisen suhteen tapausten ja kontrollien välillä. Joissakin kohortin näytteistä todettiin IRF7-geenin ilmentymisen väliaikainen nousu. Tämä voi olla seurausta esimerkiksi akuutista infektiosta verinäytteen ottohetkellä.
Yhteenvetona voidaan todeta, että tutkimuksessa ei löytynyt merkittäviä eroja tapausten ja kontrollien välillä enteroviruspositiivisuuden tai analysoitujen IRF7-geeniverkoston geenien ilmentymisen suhteen. Tutkimuksen tilastollista voimaa rajoittaa aineiston suhteellisen pieni koko ja tulos tulisi varmistaa laajemmassa aineistossa.