RNA sekundaarirakenteiden tietokoneanalyysi
LEHTINEN, TOMMI (2006)
2006
Tietojenkäsittelyoppi - Computer Science
Informaatiotieteiden tiedekunta - Faculty of Information Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2006-12-20
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-16399
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-16399
Tiivistelmä
Ihmisen genomin sekvensointi yhdessä uusien molekyylibiologian tutkimusmenetelmien kanssa on tuottanut tarpeen myös uusille tilastollisille sekä algoritmisille menetelmille aineistojen analysoimiseksi. Ribonukleiinihappo (RNA) toimii solun sisällä geneettisen tiedon välittäjänä sekä joidenkin biologisten prosessien säätelijänä. RNA-molekyylin rakenteelliset ominaisuudet määräävät pitkälti sen toiminnallisuuden. RNA-sekundaarirakenteita voidaan ennustaa ja analysoida algoritmisilla menetelmillä sekä niihin perustuvilla ohjelmistoilla.
Tässä tutkielmassa tarkastellaan RNA-molekyylin sekundaarirakenteen ennustamisessa ja analysoinnissa käytettyjä keskeisiä algoritmisia menetelmiä. Lisäksi käsitellään jonkin verran keskeisiä DNA-mikrosirujen klusterointimenetelmiä, sekä niiden soveltamista RNA-sekundaarirakenteiden analysoinnissa. Kokeellisessa osuudessa testataan erilaisia menetelmiä, joilla voi luokitella samankaltaisia RNA-sekundaarirakenteita omiin klustereihinsa, sekä tutkitaan löytyykö analysoitavasta DNA-mikrosiruaineistosta samankaltaisten RNA-sekundaarirakenteiden rikastamia klustereita.
Avainsanat ja sanonnat: RNA-sekundaarirakenne, editointietäisyys, klusterointi.
CR-luokat: G.3, I.5.3
Tässä tutkielmassa tarkastellaan RNA-molekyylin sekundaarirakenteen ennustamisessa ja analysoinnissa käytettyjä keskeisiä algoritmisia menetelmiä. Lisäksi käsitellään jonkin verran keskeisiä DNA-mikrosirujen klusterointimenetelmiä, sekä niiden soveltamista RNA-sekundaarirakenteiden analysoinnissa. Kokeellisessa osuudessa testataan erilaisia menetelmiä, joilla voi luokitella samankaltaisia RNA-sekundaarirakenteita omiin klustereihinsa, sekä tutkitaan löytyykö analysoitavasta DNA-mikrosiruaineistosta samankaltaisten RNA-sekundaarirakenteiden rikastamia klustereita.
Avainsanat ja sanonnat: RNA-sekundaarirakenne, editointietäisyys, klusterointi.
CR-luokat: G.3, I.5.3