HLA-DQ2-geenien promoottorialueiden metylaatio keliakiassa
KUKKOLA, SAIJA (2010)
2010
Biokemia - Biochemistry
Lääketieteellinen tiedekunta - Faculty of Medicine
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2010-06-01
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-20684
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-20684
Tiivistelmä
Tutkimuksen tausta ja tavoitteet: Keliakia on perinnöllinen autoimmuunisairaus, jossa vehnän, ohran ja rukiin gluteeni aiheuttaa kroonisen tulehduksen ohutsuolessa. Ympäristötekijöiden lisäksi keliakian puhkeamiseen vaikuttavat geneettiset tekijät, joista ihmisen leukosyyttiantigeeni (HLA)-molekyylit DQ2 ja DQ8 ovat parhaiten tunnettuja. Näitä molempia heterodimeerisiä molekyylejä koodaavat kaksi geeniä: DQA1 ja DQB1. Suurin osa DQ2/DQ8-positiivisista henkilöistä ei kuitenkaan koskaan sairastu keliakiaan. Geenien promoottorialueiden CpG-dinukleotidien poikkeava metylaatioprofiili voi osaltaan vaikuttaa eri sairauksien syntyyn. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää DQ2-geenien promoottorien metylaatiota keliakiassa vertaamalla metylaatiostatusta DQ2-positiivisten keliaakikkojen ja ei-keliaakikkojen kesken sekä hoidolla olevien ja gluteenille altistettujen keliaakikkojen kesken. Lisäksi tavoitteena oli tutkia, voiko metylaatiostatuksen selvittää kokoverestä pelkkien lymfosyyttien sijaan.
Tutkimusmenetelmät: DQ2-geenien promoottorialueiden sekvenssit sekä niissä olevien CpG-dinukleotidien määrä ja mahdolliset CpG-saarekkeet määritettiin in silico. Näytteet olivat seitsemältä henkilöltä ja analysoitavia sekvenssejä oli yhteensä kolme-toista. Promoottorialueiden metylaatiostatus selvitettiin bisulfiittisekvensointimenetelmällä.
Tutkimustulokset: DQB1-geenin promoottori sisältää yhden 204 emäsparin pituisen CpG-saarekkeen, jossa on kahdeksan CpG-dinukleotidia. DQA1-geenin promoottori puolestaan ei sisällä yhtään CpG-saareketta. Bisulfiittisekvensointimenetelmä pystytet-tiin onnistuneesti vain DQB1-promoottorille. Kahdessa näytteessä kolmestatoista oli yksi metyloitunut CpG-dinukleotidi transkription aloituskohdan suhteen asemassa +103. Nämä olivat keliaakikon lymfosyyttinäyte ja gluteenialtistuksen jälkeinen näyte.
Tulosten tarkastelu: Ei-keliaakikon ja keliaakikkojen vertailussa DQB1-promoottorin metylaatiostatuksen suhteen tuli ilmi yksi eroavaisuus, samoin kuin lymfosyytti- ja verinäytteiden vertailussa. Lisäksi gluteenialtistuksen jälkeisissä näytteissä yhdessä havaittiin yksi metyloitunut CpG, mutta tälle näytteelle ei ollut käytettävissä vertailunäytettä ennen altistusta. Näin ollen ei voida sanoa, johtuuko ero gluteenialtistuksesta. Lisäksi näytteiden määrä oli liian pieni, jotta tulokset olisivat tilastollisesti merkitseviä.
Johtopäätökset: On mahdollista, että DNA:n metylaatiolla on jonkinlainen epigeneettinen rooli keliakiassa, koska metyloitunut CpG oli havaittavissa samassa kohdassa kahdessa eri näytteessä. Tätä voisi tutkia tulevaisuudessa isommalla näytelukumäärällä, jotta tulokset olisivat tilastollisesti analysoitavissa. Näytteinä olisi parempi käyttää lymfosyyttejä kokoveren sijaan.
Tutkimusmenetelmät: DQ2-geenien promoottorialueiden sekvenssit sekä niissä olevien CpG-dinukleotidien määrä ja mahdolliset CpG-saarekkeet määritettiin in silico. Näytteet olivat seitsemältä henkilöltä ja analysoitavia sekvenssejä oli yhteensä kolme-toista. Promoottorialueiden metylaatiostatus selvitettiin bisulfiittisekvensointimenetelmällä.
Tutkimustulokset: DQB1-geenin promoottori sisältää yhden 204 emäsparin pituisen CpG-saarekkeen, jossa on kahdeksan CpG-dinukleotidia. DQA1-geenin promoottori puolestaan ei sisällä yhtään CpG-saareketta. Bisulfiittisekvensointimenetelmä pystytet-tiin onnistuneesti vain DQB1-promoottorille. Kahdessa näytteessä kolmestatoista oli yksi metyloitunut CpG-dinukleotidi transkription aloituskohdan suhteen asemassa +103. Nämä olivat keliaakikon lymfosyyttinäyte ja gluteenialtistuksen jälkeinen näyte.
Tulosten tarkastelu: Ei-keliaakikon ja keliaakikkojen vertailussa DQB1-promoottorin metylaatiostatuksen suhteen tuli ilmi yksi eroavaisuus, samoin kuin lymfosyytti- ja verinäytteiden vertailussa. Lisäksi gluteenialtistuksen jälkeisissä näytteissä yhdessä havaittiin yksi metyloitunut CpG, mutta tälle näytteelle ei ollut käytettävissä vertailunäytettä ennen altistusta. Näin ollen ei voida sanoa, johtuuko ero gluteenialtistuksesta. Lisäksi näytteiden määrä oli liian pieni, jotta tulokset olisivat tilastollisesti merkitseviä.
Johtopäätökset: On mahdollista, että DNA:n metylaatiolla on jonkinlainen epigeneettinen rooli keliakiassa, koska metyloitunut CpG oli havaittavissa samassa kohdassa kahdessa eri näytteessä. Tätä voisi tutkia tulevaisuudessa isommalla näytelukumäärällä, jotta tulokset olisivat tilastollisesti analysoitavissa. Näytteinä olisi parempi käyttää lymfosyyttejä kokoveren sijaan.