Clustering of Gene Ontologies in Genomes
TIIRIKKA, TIMO (2008)
Tässä tietueessa ei ole kokotekstiä saatavilla Treposta, ainoastaan metadata.
TIIRIKKA, TIMO
2008
Biokemia - Biochemistry
Lääketieteellinen tiedekunta - Faculty of Medicine
Hyväksymispäivämäärä
2008-06-24Tiivistelmä
Tutkimuksen tausta ja tavoitteet:
Proteiineja koodaavat geenit eivät ole satunnaisesti jakautuneina kromosomeihin, vaikkakin ne edustavat vain pientä osaa genomista. Geenien klusteroitumisesta on saatu viitteitä usealla eri menetelmällä. Toiminnallisuutensa perusteella klusteroituvien geenien tutkimista varten geeniontologiat kerättiin kokonaisille genomeille sekä kehitettiin klusteroitumista mittaava menetelmä. Geeniontologioiden klusteroitumista vertailtiin yhdeksällä eri organismilla.
Tutkimusmenetelmät:
Genomin sisäisen järjestyksen tutkimiseksi geenit järjestettiin positioidensa perusteella kromosomeihin ja data analysoitiin käyttäen liukuvaa ikkunaa otosalueena. Liukuva ikkuna koostuu 10:stä eri lukuraamista, joissa on 5 – 50 geeniä. Tulokset järjestetään p-arvojen mukaan ja kaikista rikastuneimmat geeniryppäät esitetään visuaalisesti ’ontologianauhoina’ organismeittain.
Tutkimustulokset:
Geenien vaihtelevan pituuden ja tiheyden tuomien ongelmien vuoksi analyysiin otettiin aina kiinteä määrä geenejä riippumatta otoksen emäsmäärällisestä pituudesta. Tilastollisesti merkittävää klusteroitumista oli havaittavissa jokaisessa tutkituista genomeista ja lisäksi liukuva ikkuna-menetelmä paljasti useita suuria ontologiaryppäitä. Datan suuresta määrästä johtuen tässä tutkielmassa esitellään vain mielenkiintoisimpia löytöjä. Kaikki tulokset ovat saatavilla GOme-tietokannasta: http://bioinf.uta.fi/GOme.
Johtopäätökset
Ontologiarikastumat ovat organismikohtaisesti hyvin erilaisia, mutta kaikilla eliöillä on havaittavissa taipumus geenien ja ontologioiden järjestykseen genomissa. Käytettyä menetelmää voidaan soveltaa mihin tahansa saatavilla olevaan genomiin tai osaan siitä sekä myös muihin tiedon luokittelijoihin kuin geeniontologioihin.
Asiasanat: geeniontologia, klusterointi, genomi
Proteiineja koodaavat geenit eivät ole satunnaisesti jakautuneina kromosomeihin, vaikkakin ne edustavat vain pientä osaa genomista. Geenien klusteroitumisesta on saatu viitteitä usealla eri menetelmällä. Toiminnallisuutensa perusteella klusteroituvien geenien tutkimista varten geeniontologiat kerättiin kokonaisille genomeille sekä kehitettiin klusteroitumista mittaava menetelmä. Geeniontologioiden klusteroitumista vertailtiin yhdeksällä eri organismilla.
Tutkimusmenetelmät:
Genomin sisäisen järjestyksen tutkimiseksi geenit järjestettiin positioidensa perusteella kromosomeihin ja data analysoitiin käyttäen liukuvaa ikkunaa otosalueena. Liukuva ikkuna koostuu 10:stä eri lukuraamista, joissa on 5 – 50 geeniä. Tulokset järjestetään p-arvojen mukaan ja kaikista rikastuneimmat geeniryppäät esitetään visuaalisesti ’ontologianauhoina’ organismeittain.
Tutkimustulokset:
Geenien vaihtelevan pituuden ja tiheyden tuomien ongelmien vuoksi analyysiin otettiin aina kiinteä määrä geenejä riippumatta otoksen emäsmäärällisestä pituudesta. Tilastollisesti merkittävää klusteroitumista oli havaittavissa jokaisessa tutkituista genomeista ja lisäksi liukuva ikkuna-menetelmä paljasti useita suuria ontologiaryppäitä. Datan suuresta määrästä johtuen tässä tutkielmassa esitellään vain mielenkiintoisimpia löytöjä. Kaikki tulokset ovat saatavilla GOme-tietokannasta: http://bioinf.uta.fi/GOme.
Johtopäätökset
Ontologiarikastumat ovat organismikohtaisesti hyvin erilaisia, mutta kaikilla eliöillä on havaittavissa taipumus geenien ja ontologioiden järjestykseen genomissa. Käytettyä menetelmää voidaan soveltaa mihin tahansa saatavilla olevaan genomiin tai osaan siitä sekä myös muihin tiedon luokittelijoihin kuin geeniontologioihin.
Asiasanat: geeniontologia, klusterointi, genomi