Biomassa/CFU-protokollan optimointi Mycobacterium marinum -bakteerille

Abstract

Mycobacterium tuberculosis -bakteeri aiheuttaa edelleen vuosittain jopa 10 miljoonaa sairastumistapausta ja latenttia infektiota saattaa kantaa jopa neljäsosa maailman väestöstä. Tuberkuloosin hoitaminen on edelleen haasteellista. M. tuberculosis -bakteerin kyky muodostaa biofilmiä on yksi syy antibioottien heikolle teholle infektion hoidossa. Tämän takia tutkimus biofilmin muodostukseen osallistuvista geeneistä on tärkeä. Työssä oli tarkoituksena optimoida biomassaa/CFU mittaava protokolla. Työssä oli kuusi erilaista protokollaa. Protokollien tarkoituksena oli tutkia miten kasvatuksen tilavuus, erilaiset yksisoluistamistavat ja erilaiset punnitustavat vaikuttavat tuloksiin. Työn tarkoituksina oli myös kokeilla, onko hajonnan laskeminen näillä keinoilla mahdollista, jotta saataisiin luotettavia tuloksia ja minkä protokollan avulla työ on helpoin suorittaa. Työssä käytettiin Mycobacterium marinum bakteeria sekä poistogeenistä M. marinum Δgt:tä, jotta voidaan olla varmoja, että protokolla toimii myös mutanteille, sillä biofilmien käsittely saattaa olla mutanteilla erilaista. Työssä päädyttiin protokollien suorittamisen jälkeen valitsemaan jatkossa käytettäväksi protokollaksi A protokolla, joka oli helpoin suorittaa mekaanisesti sekä keskihajonta oli protokollalla pienin. Työssä tuli esiin myös, että M. marinum Δgt:n biomassa/CFU- ja CFU/ml tulokset erosivat villityypin M. marinum -bakteerin vastaavista tuloksista.