Epigeneettisen iän vaihtoehtoiset määritysmetodit

Abstract

Tässä kirjallisuuskatsauksessa selvitettiin kirjallisuuteen pohjaten, onko epigeneettiselle iälle olemassa muita mahdollisia määritysmetodeja kuin DNA-metylaatiomikrosiru. Tämän lisäksi tuli suorittaa laboratoriomääritysmetodien välillä hintavertailua.

Kirjallisuuden pohjalta voitiin löytää seuraavat vaihtoehtoiset laboratoriomääritysmetodit DNA-metylaatiomikrosirulle: Whole genome bisulfite sequencing, Reduced representation bisulfite sequencing ja TIME-seq. Tämän lisäksi tuli huomioida, että epigeneettisen iän määrittäminen kattaa kaksi muutakin päävaihetta laboratoriomääritysmetodien lisäksi. Nämä toiset vaiheet ovat: datan tuotto eli tässä tapauksessa DNA:n eristäminen ja sille suoritettavat toimenpiteet ennen laboratoriomääritysmetodia. Kolmas päävaihe on laboratoriomääritysmetodista saadun datan analysointi. Analysointivaiheessa hyödynnetään tilasto- ja todennäköisyyslaskentaan pohjautuvia ohjelmistoja. Tässä kirjallisuuskatsauksessa kuitenkin pääpaino on laboratoriomääritysmetodeissa ja niiden välisessä hintavertailussa.

Alan kirjallisuuteen pohjaten voitiin tulla johtopäätökseen, että epigeneettiselle iälle löytyi ainakin neljä erilaista mahdollista laboratoriomääritysmetodia mukaan lukien DNA-metylaatiomikrosiru. Hintavertailussa tultiin loppupäätelmään, missä todettiin TIME-seq menetelmän olevan huomattavasti muita menetelmiä edullisempi mutta saatavuudessaa kuitenkin häviää toisiksi halvimmalle menetelmälle.

Loppupäätelmäksi saatiin, että vaikka TIME-seq on menetelmänä edullisin, sen haittapuolena kuitenkin sen saatavuus sillä metodi on hyvin uusi. Toisiksi edullisin hinta oli ”Reduced representation bisulfite sequencing”-menetelmällä. Lyhyesti voidaan sanoa, että tulostarkkuudeltaan kyseiset metodit ovat samaa tasoa. Vaikka TIME-seq on edullisempi, päihittää RRBS-menetelmä sen saatavuudellaan.