Eturauhassyövän geneettisten alityyppien eroja RNA-tasolla

Abstract

Eturauhassyöpä on miesten yleisimpiä syöpiä. Syövästä tekee haastavan diagnosoitavan se, että syövällä on havaittu olevan useita geneettisiä alityyppejä. Alityypistä riippuen syövän ag-gressiivisuus ja hoidettavuus voivat erota, mutta myös tiettyä alityyppiä sairastavilla potilailla syövän aggressiivisuus voi vaihdella. Työn tavoitteena on vertailla eturauhassyövän geneettis-ten alityyppejä RNA-tasolla ja selvittää tilastollisen testauksen avulla alityyppejä erottavista geeneistä ekspressoituneimmat geenit. Tilastollisen testauksen avulla datasta saatiin selville ti-lastollisesti merkittävimmät alityyppien geenit ja verrattaessa geenejä, saatiin selville geenit, jot-ka erottivat geneettisiä alityyppejä. Alityyppejä erottavien geenien lisäksi haluttiin selvittää, mi-ten eri alityyppien kasvaimet luokitellaan Gleasonin summan perusteella ja miten Gleasonin summien perusteella alityypit jakautuvat eri luokkiin.

Työssä tutkittava data ladattiin TCGA-tietokannasta. Tämän lisäksi Rstudiolla laadittiin oh-jelma, joka määrittää geeneille p-arvon, jonka perusteella funktio määrittää datassa esiintyvistä geeneistä ekspressoituneimmat geenit. Geenien joukosta suodatetaan vielä varsinaisten syö-pänäytteiden sisältämät geenit ja verrataan alityyppejä ekspressoituneimpien geenien perus-teella. Verrattaessa eturauhassyövän alityyppejä, alityypit jaetaan ETS-positiivisiin ja ETS-negatiivisiin alityyppeihin. Ryhmien perusteella verrattiin alityyppejä erottelevia geenejä.

Kun saadaan selville eturauhassyövän alityyppejä erottelevat, ekspressoituneimmat geenit, alityyppejä erotteleville geeneille ajetaan pathway-analyysit käyttämällä DAVID-työkalua. Path-way-analyyseja tehtiin ETS-positiivisia alityyppejä erottaville geeneille ja valittiin työn kannalta olennaisimmat pathwayt, jotka voivat vaikuttaa eturauhassyövän puhkeamiseen ja syövän il-mentymiseen. ETS-negatiivisia alityyppejä erottaville geeneille ajettiin pathway-analyysia yhdis-tämällä listaan ETS-positiivisia alityyppejä erottavia geenejä. Listan perusteella saatiin pathway-analyysi eturauhassyövälle ja RAP1 pathway-analyysi. Analyysien perusteella arvioidaan, miten pathway ja tietyt geenit vaikuttavat syövän syntyyn.

Työssä saatiin selville, miten pathway-analyysin avulla voidaan arvioida syövän syntyyn vai-kuttavia mekanismeja ja miten tiettyjen geenien liiallinen ilmeneminen vaikuttaa signalointireit-teihin geneettisellä tasolla ja siten solutasolla. Tämän lisäksi saatiin selville, mitkä ovat yleisim-mät ja toisaalta harvinaisemmat eturauhassyövän alityypit sekä, arvioida potilaan riskiä saada korkea Gleasonin summan eturauhassyöpä, kun hän sairastaa tiettyä eturauhassyövän geneet-tistä alityyppiä.