Eturauhassyövän geneettisten alityyppien eroja RNA-tasolla

Abstract

Eturauhassyöpä on miesten yleisimpiä syöpiä. Syövästä tekee haastavan diagnosoitavan se, että syövällä on havaittu olevan useita geneettisiä alityyppejä. Alityypistä riippuen syövän aggressiivisuus ja hoidettavuus voivat erota, mutta myös tiettyä alityyppiä sairastavilla potilailla syövän aggressiivisuus voi vaihdella. Työn tavoitteena on vertailla eturauhassyövän geneettisten alityyppejä RNA-tasolla ja selvittää tilastollisen testauksen avulla alityyppejä erottavista geeneistä ekspressoituneimmat geenit. Tilastollisen testauksen avulla datasta saatiin selville tilastollisesti merkittävimmät alityyppien geenit ja verrattaessa geenejä, saatiin selville geenit, jotka erottivat geneettisiä alityyppejä. Alityyppejä erottavien geenien lisäksi haluttiin selvittää, miten eri alityyppien kasvaimet luokitellaan Gleasonin summan perusteella ja miten Gleasonin summien perusteella alityypit jakautuvat eri luokkiin.

Työssä tutkittava data ladattiin TCGA-tietokannasta. Tämän lisäksi Rstudiolla laadittiin ohjelma, joka määrittää geeneille p-arvon, jonka perusteella funktio määrittää datassa esiintyvistä geeneistä ekspressoituneimmat geenit. Geenien joukosta suodatetaan vielä varsinaisten syöpänäytteiden sisältämät geenit ja verrataan alityyppejä ekspressoituneimpien geenien perusteella. Verrattaessa eturauhassyövän alityyppejä, alityypit jaetaan ETS-positiivisiin ja ETS-negatiivisiin alityyppeihin. Ryhmien perusteella verrattiin alityyppejä erottelevia geenejä.

Kun saadaan selville eturauhassyövän alityyppejä erottelevat, ekspressoituneimmat geenit, alityyppejä erotteleville geeneille ajetaan pathway-analyysit käyttämällä DAVID-työkalua. Pathway-analyyseja tehtiin ETS-positiivisia alityyppejä erottaville geeneille ja valittiin työn kannalta olennaisimmat pathwayt, jotka voivat vaikuttaa eturauhassyövän puhkeamiseen ja syövän ilmentymiseen. ETS-negatiivisia alityyppejä erottaville geeneille ajettiin pathway-analyysia yhdistämällä listaan ETS-positiivisia alityyppejä erottavia geenejä. Listan perusteella saatiin pathway-analyysi eturauhassyövälle ja RAP1 pathway-analyysi. Analyysien perusteella arvioidaan, miten pathway ja tietyt geenit vaikuttavat syövän syntyyn.

Työssä saatiin selville, miten pathway-analyysin avulla voidaan arvioida syövän syntyyn vaikuttavia mekanismeja ja miten tiettyjen geenien liiallinen ilmeneminen vaikuttaa signalointireitteihin geneettisellä tasolla ja siten solutasolla. Tämän lisäksi saatiin selville, mitkä ovat yleisimmät ja toisaalta harvinaisemmat eturauhassyövän alityypit sekä, arvioida potilaan riskiä saada korkea Gleasonin summan eturauhassyöpä, kun hän sairastaa tiettyä eturauhassyövän geneettistä alityyppiä.