Poistogeenisten Mycobacterium marinum -mutanttien valmistus
Korhonen, Rosa (2021)
Korhonen, Rosa
2021
Bioteknologian ja biolääketieteen tekniikan kandidaattiohjelma - Bachelor's Programme in Biotechnology and Biomedical Engineering
Lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunta - Faculty of Medicine and Health Technology
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2021-05-06
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tuni-202104273827
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tuni-202104273827
Tiivistelmä
Mycobacterium tuberculosis -bakteeri aiheuttaa ihmisessä vakavan ja vaikeasti hoidettavan tuberkuloosi-infektion. Nykyiset infektion hoitomuodot eivät ole aina tehokkaita ja M. tuberculosis -
bakteerit reagoivat heikosti antibiootteihin. Antibioottihoidoista huolimatta tuberkuloosiin kuolee vuosittain noin 1,2 miljoonaa ihmistä. M. tuberculosis -bakteerin lähisukulainen Mycobacterium marinum on kalojen luonnollinen patogeeni, joka aiheuttaa kaloissa tuberkuloosin kaltaisen infektion. M. marinum -bakteerit soveltuvat tuberkuloosi-infektion mallintamiseen in vivo.
Työssä valmistettiin kolme knockout-plasmidia, joilla tehtiin koko geenin deleetiot M. marinum -bakteeriin. Kohdegeeneiksi valittiin vähän tutkittuja geenejä, jotka vaikuttavat mykobakteerien biofilmiin tai antibioottien sietokykyyn. Kohdegeeneiksi valittiin lamA-, mmaA4- ja mmpl11-geenit. LamA on mykobakteerien jakautumisessa vaikuttava proteiini, joka vaikuttaa populaation homogeenisyyteen. LamA-mutantin on havaittu reagoivan herkemmin antibiootteihin. MmaA4 on bakteerin kuoren mykolihappojen valmistuksessa tarvittava metyylitransferraasi. Mmpl11 on solukalvon rasvojen transportteri, joka vaikuttaa biofilmin muodostuskykyyn.
Plasmidi transformoidaan bakteeriin elektroporaatiolla. Plasmidi liittyy bakteerin kromosomiin homologisella rekombinaatiolla. Tavoitteena on saada tapahtumaan double crossover (DCO) mutaatio, jossa hygromysiiniresistenssigeeni liittyy kohdegeenin tilalle bakteerin kromosomiin. DCOmutaatioiden löytämiseen käytetään negatiivisena selektiona lacZ-, sacB- ja kanamysiiniresistenssigeenejä.
Työssä onnistuttiin valmistamaan kolme uutta mutanttibakteerikantaa. Onnistunut DCO-mutaatio varmennettiin polymeraasiketjureaktiolla, restriktioanalyysillä ja sekvensoinnilla.
bakteerit reagoivat heikosti antibiootteihin. Antibioottihoidoista huolimatta tuberkuloosiin kuolee vuosittain noin 1,2 miljoonaa ihmistä. M. tuberculosis -bakteerin lähisukulainen Mycobacterium marinum on kalojen luonnollinen patogeeni, joka aiheuttaa kaloissa tuberkuloosin kaltaisen infektion. M. marinum -bakteerit soveltuvat tuberkuloosi-infektion mallintamiseen in vivo.
Työssä valmistettiin kolme knockout-plasmidia, joilla tehtiin koko geenin deleetiot M. marinum -bakteeriin. Kohdegeeneiksi valittiin vähän tutkittuja geenejä, jotka vaikuttavat mykobakteerien biofilmiin tai antibioottien sietokykyyn. Kohdegeeneiksi valittiin lamA-, mmaA4- ja mmpl11-geenit. LamA on mykobakteerien jakautumisessa vaikuttava proteiini, joka vaikuttaa populaation homogeenisyyteen. LamA-mutantin on havaittu reagoivan herkemmin antibiootteihin. MmaA4 on bakteerin kuoren mykolihappojen valmistuksessa tarvittava metyylitransferraasi. Mmpl11 on solukalvon rasvojen transportteri, joka vaikuttaa biofilmin muodostuskykyyn.
Plasmidi transformoidaan bakteeriin elektroporaatiolla. Plasmidi liittyy bakteerin kromosomiin homologisella rekombinaatiolla. Tavoitteena on saada tapahtumaan double crossover (DCO) mutaatio, jossa hygromysiiniresistenssigeeni liittyy kohdegeenin tilalle bakteerin kromosomiin. DCOmutaatioiden löytämiseen käytetään negatiivisena selektiona lacZ-, sacB- ja kanamysiiniresistenssigeenejä.
Työssä onnistuttiin valmistamaan kolme uutta mutanttibakteerikantaa. Onnistunut DCO-mutaatio varmennettiin polymeraasiketjureaktiolla, restriktioanalyysillä ja sekvensoinnilla.
Kokoelmat
- Kandidaatintutkielmat [8709]