Mikroympäristön muutosten laskennallinen analyysi eturauhassyövän etenemisessä

Abstract

Eturauhassyövällä on useita eri muotoja, ja potilaan selviytymisennuste vaihtelee suuresti sen mukaan, minkä tyyppinen eturauhassyöpä hänelle diagnosoidaan. Primääriä eturauhassyöpää pystytään hoitamaan tehokkaasti hormonihoidoilla ja siihen sairastuneella on paljon parempi selviytymisennuste kuin kastraatioresistenssiin syöpätyyppiin sairastuneella. Kastraatioresistenssi eturauhassyöpä on kehittynyt androgeeneista riippumattomaksi, minkä takia sitä ei voida hoitaa samoin kuin primääriä syöpätyyppiä. Androgeeniriippumattomuuden syntymisen mekanismia ei vielä tunneta, mutta kasvaimen kehityksen aikana tapahtuvien muutosten selvittäminen voi antaa tähän vastauksia. Tässä tutkielmassa pyrittiin kartoittamaan eroavaisuuksia hyvänlaatuisen eturauhasen liikakasvun mikroympäristön, primäärin eturauhassyöpäkasvaimen mikroympäristön ja kastraatioresistentin eturauhassyöpäkasvaimen mikroympäristön solukoostumusten välillä.

Erilaiset laskennallisen biologian menetelmät ovat kehittyneet nopeaa vauhtia viimeisten vuosikymmenien aikana ja ne tarjoavat uudenlaisia mahdollisuuksia tutkimukseen. Tässä työssä hyödynnettiin CIBERSORTx dekonvoluutio-ohjelmaa näytteiden solukoostumuksen määrittämiseen RNA-sekvensointidatasta. Tuloksista piirrettiin laatikkojanakuvaajia näyteryhmittäin ja etsittiin tilastollisten testien avulla eroavaisuuksia analyysissä käytettyjen immuunisolutyyppien suhteellisissa määrissä näyteryhmien välillä.

Tilastollisesti merkitseviä eroja löytyi seitsemän immuunisolutyypin suhteellisissa määrissä, ja näistä makrofagien ryhmän 2 solujen ja plasmasolujen kohdalla ero löytyi primäärin eturauhassyövän ja kastraatioresistentin eturauhassyövän väliltä. Jatkotutkimukset näiden kahden immuunisolutyypin roolista eturauhassyövässä, voi auttaa selvittämään androgeeniriippumattomuuden syntymismekanismia. Dekonvoluutiomenetelmiä käytettäessä tulosten tarkkuuteen vaikuttaa kuitenkin useat asiat, ja tässä työssä esitettyjen tulosten varmistamiseksi olisi syytä toteuttaa analyysi isommalla näytekoolla ja käyttäen eturauhassyöpäkudoksesta kehitettyä signatuurimatriisia, sekä mahdollisesti useampia dekonvoluutio-ohjelmia.