Variaatioiden vaikutus kromatiinin avoimuuteen eturauhassyövän edetessä

Abstract

Eturauhassyöpä on 2:ksi yleisimmin diagnosoitu ja 5:nneksi yleisin kuolinsyy miehillä. Eturauhassyöpä voi olla primaarinen tai kastraatioresistentti, ja tällä tyypillä on vaikutusta syövän hoitokeinoihin sekä selviytymisennusteeseen. Syövän syntymekanismi tunnetaan osittain, mutta tietämyksessä on vielä monia puutteita. Hoitokeinoja on useita ja niitä kehitetään jatkuvasti lisää, mutta erityisesti metastaattisen kastraatioresistentin eturauhassyövän hoitoennuste on edelleen huono. Syövän lisäksi eturauhaseen voi kehittyä hyvälaatuista liikakasvua, joka diagnosoidaan lähes kaikilla miehillä viimeistään heidän täyttäessään 60 vuotta.

Tässä tutkimuksessa tutkittiin yksittäisten nukleotidien variaatioiden vaikutusta hyvälaatuisen eturauhasen liikakasvun, primaarisen eturauhassyövän sekä kastraatioresistentin eturauhassyövän etenemiseen. Tutkimuksessa haluttiin selvittää, missä määrin genomin avoimia kohtia voidaan selittää yksittäisten nukleotidien variaatioilla. Yksittäisen nukleotidin variaatioita verrattiin ATAC-sekvensoinnilla saatuihin genomin avoimiin kohtiin ja tutkittiin, onko näiden arvojen välillä yhteyttä. Yksittäisen nukleotidin variaatioita tunnistettiin vertaamalla kunkin potilaan näytteestä saatuja sekvenssejä referenssigenomiin, minkä jälkeen tutkimukseen valittiin mukaan tietyt laadun sekä lukusyvyyden raja-arvot ylittävät muuntuneet nukleotidit. Lisäksi haluttiin tutkia, onko yksittäisen nukleotidin variaatioiden kokonaismäärällä vaikutusta avoimien kohtien määrään.

Tutkimuksessa huomattiin, että vähintään yhden yksittäisen nukleotidin variaation sisältävien avoimien kohtien määrän mediaani nousi hiukan syövän edetessä, mutta kaikkien näytteiden arvojen välillä oli suurta vaihtelua. Pelkän mediaanin perusteella ei kuitenkaan voida tehdä johtopäätöksiä arvojen yhteydestä, vaan aihe vaatii lisätutkimusta. Näytteiden välillä olevien erojen tilastollista merkitsevyyttä tutkittiin t-testeillä, joista saatujen p-arvojen perusteella tulokset olivat johdonmukaisia sen kanssa, että tilastollista merkitsevyyttä ei ole näytteiden välillä. Vertailtaessa kaikkien näytteiden yksittäisten nukleotidien variaatioiden ja avoimien kohtien määrää saatiin selville mahdollinen yhteys näiden arvojen välillä. Tutkimuksen mukaan yksittäisten nukleotidien variaatioiden määrän kasvaessa myös avoimien kohtien kokonaismäärä kasvaa. Asiaa tulisi kuitenkin tutkia lisää, jotta saadaan selville, onko kyse sattumasta vai yhteydestä.