Kemikaalit angiogeneesissä: Differentiaalisen geeniekspression analyysi
Kiviaho, Antti (2021)
2021
Bioteknologian kandidaattiohjelma - Bachelor's Programme in Biotechnology
Lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunta - Faculty of Medicine and Health Technology
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2021-04-29
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tuni-202104233405
https://urn.fi/URN:NBN:fi:tuni-202104233405
Tiivistelmä
Verisuonimuodostuksen eli angiogeneesin säätelyllä on elintärkeä rooli kudosten ja kokonaisten organismien kehityksessä. Luonnollisen kehityksen lisäksi myös monet sairaudet ovat riippuvaisia muodostuvista verisuonista. Angiogeneettisiin prosesseihin vaikuttamalla voidaan esimerkiksi pysäyttää syöpäkasvaimen hapensaanti, parantaa sydänkohtauspotilaan ennustetta tai taistella silmänpohjan rappeumaa vastaan. Uusia angiogeneesiä rajoittavia tai edistäviä kemikaaleja etsitään jatkuvasti.
Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin 7 eri kemikaalin vaikutusta ihmiskudosperäisen verisuonimallin angiogeneettiisiin prosesseihin. Tutkimuksessa hyödynnettiin kemikaaleille altistetusta verisuonimallista eristettyä RNA:ta ja siitä sekvensoimalla tuotettua dataa. Sekvensointidatan analyysillä selvitettiin näytteissä ilmentyvät geenit eli geeniekspressio. Kemikaalien vaikutusta arvioitiin tilastollisen testauksen keinoin vertaamalla kemikaalialtistusnäytteiden ja kontrollinäytteiden geeniekspressiota eri aikapisteissä. Ilmentymiseltään merkitsevästi muuttuneiden eli differentiaalisesti ekspressoituneiden geenien yhteyttä angiogeneesiin tutkittiin edelleen ylirepresentaatioanalyysillä.
Tutkituista kemikaaleista 4 vaikutti merkitsevästi verisuonimallin geeniekspressioon. Ekspressioltaan muuttuneiden geenien todettiin olevan merkitsevästi yhteydessä angiogeneettisiin prosesseihin. Suurin vaikutus sekä geeniekspressioon, että angiogeneettisiin prosesseihin havaittiin haloperidolilla. Myös kversetiinin, reserpiinin ja isotretinoiinin vaikutus geeniekspressioon oli merkitsevä, erityisesti pisimmällä aikavertailuvälillä. Tarkempi analyysi kemikaalien vaikutuksen laadusta ja mekanismeista vaativat laajamittaisempaa analyysia.
Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin 7 eri kemikaalin vaikutusta ihmiskudosperäisen verisuonimallin angiogeneettiisiin prosesseihin. Tutkimuksessa hyödynnettiin kemikaaleille altistetusta verisuonimallista eristettyä RNA:ta ja siitä sekvensoimalla tuotettua dataa. Sekvensointidatan analyysillä selvitettiin näytteissä ilmentyvät geenit eli geeniekspressio. Kemikaalien vaikutusta arvioitiin tilastollisen testauksen keinoin vertaamalla kemikaalialtistusnäytteiden ja kontrollinäytteiden geeniekspressiota eri aikapisteissä. Ilmentymiseltään merkitsevästi muuttuneiden eli differentiaalisesti ekspressoituneiden geenien yhteyttä angiogeneesiin tutkittiin edelleen ylirepresentaatioanalyysillä.
Tutkituista kemikaaleista 4 vaikutti merkitsevästi verisuonimallin geeniekspressioon. Ekspressioltaan muuttuneiden geenien todettiin olevan merkitsevästi yhteydessä angiogeneettisiin prosesseihin. Suurin vaikutus sekä geeniekspressioon, että angiogeneettisiin prosesseihin havaittiin haloperidolilla. Myös kversetiinin, reserpiinin ja isotretinoiinin vaikutus geeniekspressioon oli merkitsevä, erityisesti pisimmällä aikavertailuvälillä. Tarkempi analyysi kemikaalien vaikutuksen laadusta ja mekanismeista vaativat laajamittaisempaa analyysia.
Kokoelmat
- Kandidaatintutkielmat [10550]