A Zebrafish Model for Developing Vaccines against Tuberculosis

Abstract

Maailmanlaajuisesti tuberkuloosi on yksi merkittävimmistä kuolemansyistä aiheuttaen vuosittain 1.5 miljoonan ihmisen kuoleman. Maailman terveysjärjestön mukaan, tuberkuloosia aiheuttava patogeeni, <i>Mycobacterium tuberculosis</i>, tartuttaa joka vuosi 10 miljoonaa ihmistä. Sairaus voi olla etenevä tai latentti. Latentissa infektiossa elimistön immuunipuolustus pystyy rajaamaan infektion granuloomarakenteiden sisään. Arviolta 1.7 miljardilla ihmisellä on tälläinen oireeton, latentti tuberkuloosi, ja siten 5-10% elinikäinen riski aktiiviselle sairaudelle. 1920-luvulla kehitetty, ainoa saatavilla oleva tuberkuloosirokote, Bacillus Calmette-Guérin, suojaa ainostaan imeväisikäisiä tuberkuloosin vakavampia tautimuotoja vastaan. Nykyisin ei ole saatavilla rokotetta, mikä antaisi tehokkaan suojan aikuisille tai estäisi latentin infektion uudelleenaktivaation. Viimeaikoina rokotetutkimus on keskittynyt turvallisempiin menetelmiin, kuten alayksikkörokotteisiin, jotka eivät sisällä elävää patogeenia.

Huolimatta tuberkuloositutkimuksen pitkästä historiasta, tuberkuloosin taudinaiheuttamismekanismeja sekä mykobakteerien ja immuunipuolustuksen välistä vuorovaikutusta ei edelleenkään täysin tunneta. Yksi tuberkuloositutkimuksen haasteista on ollut käyttökelpoisten mallieläinten puute. Tässä tutkimuksessa hyödynnettiin seeprakalamallia (<i>Danio Rerio</i>), jonka <i>Mycobacterium marinum</i>-infektio muistuttaa monilta piirteiltään ihmisen tuberkuloosia. Tiedetään, että laboratorio- olosuhteissa, korkea infektioannos aiheuttaa etenevän sairauden ja matala- annoksinen infektio puolestaan latentin infektion. Tässä tutkimuksessa osoitettiin, että heikentämällä kalan immuunipuolustusta deksametasonilla, latentin infektiot uudelleenaktivoituvat.

Tämän väitöskirjatutkimuksen päätavoitteena oli löytää uusia rokoteantigeeneja tuberkuloosia vastaan. Tavoitteen saavuttamiseksi valitsimme lupaavia M. <i>marinumin</i> geenejä sekä kirjallisuuden että lähetti-RNA-sevensointituloksen perusteella. <i>In vivo</i>- tutkimuksessa testattiin DNA-rokoteantigeeneinä yhteensä 22 eri geeniä. Näistä seitsemän on erityisesti reaktivaatiossa ilmentyvää ja 15 kirjallisuuden perusteella valittua geeniä. 16 eri antigeenin teho testattiin primaari-infektiota vastaan. Testatuista antigeeneistä neljä (cdh, PE5, PE31 ja RpfE) antoivat suojan neljän viikon kuluttua infektiosta bakteerimääritykseen perustuvassa tutkimuksessa. Näistä yksi (RpfE) paransi myös kalojen selviytymistä 12 viikon infektionjälkeisessä serannassa. Lisäksi testattiin 15 eri antigeenin mahdollinen suojavaikutus latentin infetion uudelleen aktivaatiota vastaan deksametasoni-hoitoon perustuvan koemallin avulla. Tutkimuksessa löydettiin kolme antigeenia, RpfB, MMAR_4207 ja MMAR_4110, jotka estivät uudelleenaktivaatiota.

Tässä väitöskirjatutkimukssa osoitetaan, että seeprakalan M. <i>marinum</i>- infektiomalli sekä deksametasoniin perustuva latentin infektion uudelleenaktivaatiomalli ovat käyttökelpoisia testattaessa uusien DNA-rokotteiden tehoa. Johtuen M. <i> tuberculosiksen</i> ja M. <i> marinumin</i> genomien samankaltaisuudesta, löydettyjen lupaavien antigeenien M. <i>tuberculosis</i>-homologit ovat mahdollisilta kohdegeenejä uusien tuberkuloosirokotteiden kehittämiselle.

Tuberculosis (TB) is one of the most serious diseases worldwide, leading to the death of 1.5 million people annually. According to the World Health Organization, every year, 10 million people are infected by <i>Mycobacterium tuberculosis</i>, the causative agent of tuberculosis. Depending on the strength of the immune system, the infection develops into a granulomatous pulmonary disease, which can be progressive or is controlled by the immune system to maintain latency. An estimated 1.7 billion people have an asymptomatic latent TB, having a 5-10% risk of developing the active disease in their lifetime. The only licensed tuberculosis vaccine, the Bacillus Calmette Guérin, which was developed already in the 1920’s, protects only against severe forms of tuberculosis in infants. Currently, there is no vaccine available that effectively prevent tuberculosis in adults or the reactivation of a latent disease. The latest vaccine research focuses on safer immunization approaches, such as subunit vaccines, which do not contain live particles of the pathogen.

Despite the long history of tuberculosis research, our understanding of the exact mechanisms of the diseases at the cellular level and the complex interactions between the bacilli and the immune system remain incomplete. One of the challenges in tuberculosis research has been a lack of appropriate animal models. A zebrafish (<i>Danio rerio</i>) model, based on an infection with <i>Mycobacterium marinum</i> leading to a disease, which resembles the main features of human tuberculosis, was utilized in this thesis. It is known that in an experimental set up, a high dose infection with M.<i> marinum</i> causes a progressive disease, whereas a low dose infection leads to the formation of a latent infection in adult zebrafish. In this study, it was shown that by suppressing the fish immune system with dexamethasone, the latent infection can be reactivated.

The main goal of this thesis was to identify novel vaccine antigens to prevent tuberculosis. To this end, potential antigens were selected based on the literature and on a transcriptomic level analysis performed with <i> in vitro </i> reactivated <i> M. marinum </i>samples. In total, 22 different genes were tested as DNA vaccines. Seven of these were derived from reactivation-associated genes identified using the transcriptomic analysis and 15 genes were selected from the literature. 16 antigens were tested against the primary infection, and four (cdh, PE5, PE31 and RpfE) showed protection in a bacterial count analysis after 4 weeks of infection. Furthermore, the RpfE-derived antigen enhanced survival in a 12-weeks follow-up. Correspondingly, the preventive effects of 15 antigens against reactivation were tested with the dexamethasone-based reactivation method. With this model, three antigens, namely RpfB, MMAR_4207 and MMAR_4110, inhibited reactivation.

This thesis showed that an adult zebrafish- M. marinum infection model, and the developed dexamethasone-induced reactivation model are feasible for testing the effectiveness of novel DNA vaccines. As the genomes of M. <i>tuberculosis</i> and M.<i> marinum </i>are highly similar, the M. tuberculosis homologues of the identified promising antigens are potential targets for developing novel vaccines and drugs against tuberculosis.