De Bruijn graafit ja niiden käyttö de novo genomin kasaamisessa

Abstract

Tutkielma avaa sitä, kuinka de Bruijn graafeihin ja Eulerin polkuun perustuvia menetelmiä voidaan sekä teoriassa että käytännössä hyödyntää tuntemattoman genomin kasaamisessa. Tavoitteena on esittää selkeä ja tiivistetty määritelmä de Bruijn graafista, esitellä bioinformatiikan sovellusalue, jonka ongelmiin graafiteorialla etsitään vastauksia ja avata de Bruijn graafin rakennetta ja osuutta genomia kasaavissa ohjelmistoissa.