Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
Trepo
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä viite 
  •   Trepo etusivu
  • Trepo
  • Väitöskirjat
  • Näytä viite
  •   Trepo etusivu
  • Trepo
  • Väitöskirjat
  • Näytä viite
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Metagenomic tools and applications toward Type 1 Diabetes

Lin, Jake (2018)

 
Tweet refworks
 
Avaa tiedosto
978-952-03-0769-1.pdf (9.056Mt)
Lataukset: 



Lin, Jake
Tampere University Press
2018

Bioinformatiikka - Bioinformatics
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta - Faculty of Medicine and Life Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Väitöspäivä
2018-06-25
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on
http://urn.fi/URN:ISBN:978-952-03-0769-1
Tiivistelmä
Laskennallinen mikrobipopulaatioiden havaitseminen tyypin 1 diabeteksen ulosteetäytteillä

Ihmisen autoimmuunisairauksien puhkeamiseen vaikuttavat hyvin monenlaiset häiriöt solujen toiminnassa ja autoimmuunisairauksien kirjo on hyvin laaja. Esimerkiksi ykköstyypin diabetes puhkeaa tyypillisesti lapsuuden aikana. Ykköstyypin diabetekseen sairastuneella henkilöllä immuunijärjestelmä tuhoaa insuliinia tuottavia haimasoluja, ja insuliinin määrä laskee haitallisen alas. Yksityiskohtaista tietoa ykköstyypin diabeteksen puhkeamismekanismeista ei ole, mutta useissa tutkimuksissa sairauden puhkeaminen on yhdistetty erilaisiin mikrobialtistuksiin ja erityisesti tietyn tyyppisiin virusinfektioihin.

Nykyaikaisten sekvensointiteknologioiden kehityksen myötä on mahdollista tuottaa laajoja metagenomiikka-aineistoja, joiden avulla saadaan yksityiskohtaista tietoa esimerkiksi vesi-, maaperä- tai ulostenäytteiden geneettisestä materiaalista. Metagenomiikkatutkimuksen avulla on myös mahdollista selvittää erilaisten mikrobiaalisten ja viruspohjaisten altistusten sekä populaatiodynamiikan vaikutusta ihmisen autoimmuunisairauksiin. Tässä työssä metagenomiikkatutkimusta sovelletaan viruspohjaisten ja mikrobiaalisten tekijöiden tutkimiseen ykköstyypin diabeteksen yhteydessä. Erityisesti työssä kehitettiin uusia menetelmiä lasten ja nuorten ulostenäytteistä saatujen metagenomiikka-aineistojen tilastolliseen ja laskennalliseen analyysiin.

Väitöskirjatyössä on kehitetty bioinformatiikkatyökalu Vipie, joka mahdollistaa metagenomiikkanäytteiden analysoinnin ja visualisoinnin helppokäyttöisessä web-pohjaisessa laskentaympäristössä. Bioinformatiikkatyökalu Vipie sekä kehitetyt menetelmät perustuvat avoimeen lähdekoodiin ja menetelmät ovat tällä hetkellä aktiivisessa käytössä useissa tutkimusryhmissä. Lisäksi väitöskirjatyön soveltavassa osiossa on raportoitu uusia biologisia löydöksiä ykköstyypin diabetekseen sairastuneiden lasten ja nuorten ulostenäytteiden virus- ja bakteerikannoista. Ykköstyypin diabetesta sairastavien henkilöiden suolistossa todettiin esimerkiksi olevan vahvempia bakteerien välisiä riippuvuuksia kuin terveellä henkilöllä.
 
Kokoelmat
  • Väitöskirjat [4096]
Kalevantie 5
PL 617
33014 Tampereen yliopisto
oa[@]tuni.fi | Yhteydenotto | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Selaa kokoelmaa

TekijätNimekkeetTiedekunta (2019 -)Tiedekunta (- 2018)Tutkinto-ohjelmat ja opintosuunnatAvainsanatJulkaisuajatKokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy
Kalevantie 5
PL 617
33014 Tampereen yliopisto
oa[@]tuni.fi | Yhteydenotto | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste