Comparison of two proteomic methods for analyses of glaucoma medication effects in vitro

Abstract

Tämän syventävän työn tarkoituksena oli vertailla kahden eri massaspektrometrimenetelmän, SWATH-MS:n ja iTRAQ:n, eroja silmäsolujen proteomiikan tutkimuksissa. Tutkimustyö oli osa laajempaa kokonaisuutta, jossa tutkittiin glaukoomalääkkeiden vaikutusta silmän pinnan soluihin. Analysoitavina solumalleina käytettiin kahta silmän pinnan solulinjaa, HCE ja NHC. HCE-solulinja on kehitetty ihmisen sarveiskalvon epiteelisoluista, ja NHC-solulinja ihmisen sidekalvon soluista. Solut altistettiin kahdella eri glaukoomalääkkeellä, tafluprostilla ja latanoprostilla, sekä lääkkeiden säilöntäaineella bentsalkoniumkloridilla. Kontrollinäytteinä käytettiin altistamattomia soluja. Altistusten jälkeen kummankin solulinjan näytteet analysoitiin kahdella eri massaspektrometrimenetelmällä, SWATH-MS ja iTRAQ.

Menetelmien välillä vertailtiin niiden tunnistamien proteiinien kokonaismäärää ja tunnistamisen toistettavuutta, pitoisuusmääritysten luotettavuutta ja tulosten yhteneväisyyttä keskenään. SWATH- MS:lla proteiineja tunnistettiin huomattavasti enemmän ja toistettavammin kuin iTRAQ:lla. iTRAQ vaikutti tulosten perusteella tuottavan luotettavampia pitoisuusmäärityksiä kuin SWATH-MS, mutta tulokset analysoitiin pienemmästä määrästä proteiineja. Pitoisuusmääritysten osalta tulokset olivat jokseenkin yhteneviä, mutta tuloksissa ei löytynyt lineaarista suhdetta menetelmien välillä.