Microbes in acute otitis media in Finnish children
Sillanpää, Saara (2017)
Sillanpää, Saara
Tampere University Press
2017
Korva-, nenä- ja kurkkutautioppi - Otorhinolaryngology
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta - Faculty of Medicine and Life Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Väitöspäivä
2017-09-22
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-03-0508-6
https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-03-0508-6
Tiivistelmä
Tausta: Virukset ja bakteerit voivat aiheuttaa äkillistä välikorvantulehdusta. Eri bakteerien esiintyvyys ja niiden antibioottiresistenssi vaikuttaa välikorvantulehduksen hoidon onnistumiseen. Tällä tutkimuksella oli tarkoitus tutkia yhden virusryhmän, ihmisen parechovirusten (HPeV), ja eri bakteerien esiintymistä välikorvaeriteessä äkillisen välikorvantulehduksen aikana. Bakteerien esiintyvyyttä analysoitiin bakteeriviljelyn lisäksi uudenaikaisilla DNA:n tunnistamiseen perustuvilla menetelmillä. Tutkimuksessa selvitettiin myös bakteerien antibioottiresistenssiä.
Menetelmät: Tutkimukseen osallistui 87 äkillistä välikorvantulehdusta sairastavaa lasta (ikä 5-42 kuukautta). Heiltä kerättiin näytteet välikorvaeritteestä, nenän limakalvolta ja ulosteesta yhteensä 100:n välikorvantulehdus episodin aikana. HPeV analysoitiin herkällä RT-PCR menetelmällä kaikista näytteistä. Välikorvaeritteestä tehtiin bakteeriviljely ja antibioottien herkkyysmääritykset. Lisäksi välikorvaeritteen bakteereita tutkittiin PCR menetelmällä ja koko bakteriomin analyysillä käyttäen uuden sukupolven 16S sekvensointimenetelmää.
Tulokset: HPeV löytyi 4/91 (4 %) välikorvaeritteistä, 3/98 (3 %) nenän sivelynäytteistä ja 6/92 (7 %) ulostenäytteistä. Bakteeriviljelyllä todettiin vähintään yksi bakteeri 41/91 (45 %) välikorvaeritteistä. Yleisimmät bakteerit olivat H. influenzae 17/91 (19 %), S. pneumoniae 15/41 (16 %) ja M. catarrhalis 8/91 (9 %). PCR menetelmällä bakteereja löytyi merkittävästi enemmän kuin viljelyllä; H. influenzae todettiin 30/90 (33 %), S. pneumoniae 27/90 (30 %) ja M. catarrhalis 42/90 (47 %) välikorvaeritteistä. PCR menetelmällä todettiin myös A. otitidis 6/90 (7 %), S. aureus 5/90 (6 %) ja P. aerigunosa 1/90 (1 %) näytteistä. Uuden sukupolven sekvensointimenetelmällä bakteereita löytyi 76/90 (84 %) näytteessä, mutta uusia välikorvantulehdusta aiheuttavia bakteereja ei löytynyt. Bakteeriviljelyllä todetuista H. influenzae –kannoista 4/17 (24 %) ja M. catarrhalis –kannoista 8/8 (100 %) tuottivat beeta-laktamaasia. Penisilliinille alentunut herkkyys todettiin 3/15 (20 %) S. pneumoniae –kannoista. Erytromysiinille alentunut herkkyys todettiin 7/15 (47 %) S. pneumoniae ja 8/17 (47 %) H. influenzae –kannoista. Trimetopriimi-sulfalle alentunut herkkyys todettiin 4/15 (27 %) S. pneumoniae ja 6/17 (35 %) H. influenzae –kannoista.
Johtopäätökset: HPeV voi liittyä äkillisen välikorvantulehduksen kehittymiseen, mutta se on harvinainen aiheuttaja. Tässä tutkimuksessa käytettiin ensimmäistä kertaa modernia massasekvensointiin perustuvaa menetelmää välikorvaeritteen bakteriomin analysointiin ja todettiin, että äkillistä välikorvantulehdusta aiheuttaa yleisimmin jo aiemmin tunnetut bakteerit, H. influenzae, S. pneumoniae ja M. catarrhalis. Massasekvensoinnilla ei löydetty uusia aiemmin tuntemattomia välikorvantulehdusta aiheuttavia bakteereita. M. catarrhalis oli yleisin bakteeri PCR:n perusteella välikorvaeritteessä, mutta sitä todettiin usein vähäisiä määriä ja tarvitaan lisätutkimuksia löydöksen kliinisen merkityksen selvittämiseksi. Kliinikon näkökulmasta katsottuna moniresistentit tai muuten ongelmalliset bakteerit olivat harvinaisia tutkimusaineistossa.
Menetelmät: Tutkimukseen osallistui 87 äkillistä välikorvantulehdusta sairastavaa lasta (ikä 5-42 kuukautta). Heiltä kerättiin näytteet välikorvaeritteestä, nenän limakalvolta ja ulosteesta yhteensä 100:n välikorvantulehdus episodin aikana. HPeV analysoitiin herkällä RT-PCR menetelmällä kaikista näytteistä. Välikorvaeritteestä tehtiin bakteeriviljely ja antibioottien herkkyysmääritykset. Lisäksi välikorvaeritteen bakteereita tutkittiin PCR menetelmällä ja koko bakteriomin analyysillä käyttäen uuden sukupolven 16S sekvensointimenetelmää.
Tulokset: HPeV löytyi 4/91 (4 %) välikorvaeritteistä, 3/98 (3 %) nenän sivelynäytteistä ja 6/92 (7 %) ulostenäytteistä. Bakteeriviljelyllä todettiin vähintään yksi bakteeri 41/91 (45 %) välikorvaeritteistä. Yleisimmät bakteerit olivat H. influenzae 17/91 (19 %), S. pneumoniae 15/41 (16 %) ja M. catarrhalis 8/91 (9 %). PCR menetelmällä bakteereja löytyi merkittävästi enemmän kuin viljelyllä; H. influenzae todettiin 30/90 (33 %), S. pneumoniae 27/90 (30 %) ja M. catarrhalis 42/90 (47 %) välikorvaeritteistä. PCR menetelmällä todettiin myös A. otitidis 6/90 (7 %), S. aureus 5/90 (6 %) ja P. aerigunosa 1/90 (1 %) näytteistä. Uuden sukupolven sekvensointimenetelmällä bakteereita löytyi 76/90 (84 %) näytteessä, mutta uusia välikorvantulehdusta aiheuttavia bakteereja ei löytynyt. Bakteeriviljelyllä todetuista H. influenzae –kannoista 4/17 (24 %) ja M. catarrhalis –kannoista 8/8 (100 %) tuottivat beeta-laktamaasia. Penisilliinille alentunut herkkyys todettiin 3/15 (20 %) S. pneumoniae –kannoista. Erytromysiinille alentunut herkkyys todettiin 7/15 (47 %) S. pneumoniae ja 8/17 (47 %) H. influenzae –kannoista. Trimetopriimi-sulfalle alentunut herkkyys todettiin 4/15 (27 %) S. pneumoniae ja 6/17 (35 %) H. influenzae –kannoista.
Johtopäätökset: HPeV voi liittyä äkillisen välikorvantulehduksen kehittymiseen, mutta se on harvinainen aiheuttaja. Tässä tutkimuksessa käytettiin ensimmäistä kertaa modernia massasekvensointiin perustuvaa menetelmää välikorvaeritteen bakteriomin analysointiin ja todettiin, että äkillistä välikorvantulehdusta aiheuttaa yleisimmin jo aiemmin tunnetut bakteerit, H. influenzae, S. pneumoniae ja M. catarrhalis. Massasekvensoinnilla ei löydetty uusia aiemmin tuntemattomia välikorvantulehdusta aiheuttavia bakteereita. M. catarrhalis oli yleisin bakteeri PCR:n perusteella välikorvaeritteessä, mutta sitä todettiin usein vähäisiä määriä ja tarvitaan lisätutkimuksia löydöksen kliinisen merkityksen selvittämiseksi. Kliinikon näkökulmasta katsottuna moniresistentit tai muuten ongelmalliset bakteerit olivat harvinaisia tutkimusaineistossa.
Kokoelmat
- Väitöskirjat [4773]