Rotavirus Whole Genome Sequencing with Next-Generation Sequencing
Pitkänen, Oskari (2017)
2017
Lääketieteen lisensiaatin tutkinto-ohjelma - Licentiate's Degree Programme in Medicine
Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta - Faculty of Medicine and Life Sciences
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2017-04-27
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201705181622
https://urn.fi/URN:NBN:fi:uta-201705181622
Tiivistelmä
Rotavirus on maailmanlaajuisesti yksi yleisimmistä alle viisivuotiaiden lasten kuolinsyistä. Viruksen aiheuttama gastroenteriitti aiheuttaa oksentelua ja kuumeen, sekä vesiripulin, joka voi johtaa dehydraatioon ja kuolemaan. Taudin ehkäisemiseksi rotavirusrokotteet ovat osana kansallista rokotusohjelmaa 81 maassa ja saatavilla lisäksi yli sadassa muussa maassa.
Nykyään yleisin viruksen tunnistusmenetelmä on RT-PCR, ja viruksesta tutkitaan yleensä vain VP7-, VP4- ja VP6-proteiineja. Rotaviruksen genomi on rakenteeltaan varsin vakaa, mutta tutkimuksissa on havaittu yksittäisten geenien mutaatioita sekä ns. tuplareassortanttiviruksia, joissa on geenejä sekä rokote- että villityypin viruksista. Rotaviruksen koko genomin sekvensoimisen merkitys korostuu, kun halutaan selvittää viruksen osien alkuperä ja rokotteiden mahdollisia vaikutuksia rotaviruksen genomiin.
Seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on huomattavasti Sanger-sekvensointia nopeampi ja tehokkaampi, mutta toisaalta monimutkainen ja kallis menetelmä. Rotaviruksen genomi on pieni, n. 30kbp, mutta jotkin geenit joudutaan sekvensoimaan Sanger-menetelmällä pienemmissä osissa. Koko genomin sekvensoinnissa NGS-menetelmä voi osoittautua aikaa säästäväksi ja kustannustehokkaaksi. Tässä tutkimuksessa kuvataan NGS-menetelmän pystytys ja käyttö rotaviruksen koko genomin sekvensoinnissa ensimmäistä kertaa Suomessa.
Nykyään yleisin viruksen tunnistusmenetelmä on RT-PCR, ja viruksesta tutkitaan yleensä vain VP7-, VP4- ja VP6-proteiineja. Rotaviruksen genomi on rakenteeltaan varsin vakaa, mutta tutkimuksissa on havaittu yksittäisten geenien mutaatioita sekä ns. tuplareassortanttiviruksia, joissa on geenejä sekä rokote- että villityypin viruksista. Rotaviruksen koko genomin sekvensoimisen merkitys korostuu, kun halutaan selvittää viruksen osien alkuperä ja rokotteiden mahdollisia vaikutuksia rotaviruksen genomiin.
Seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on huomattavasti Sanger-sekvensointia nopeampi ja tehokkaampi, mutta toisaalta monimutkainen ja kallis menetelmä. Rotaviruksen genomi on pieni, n. 30kbp, mutta jotkin geenit joudutaan sekvensoimaan Sanger-menetelmällä pienemmissä osissa. Koko genomin sekvensoinnissa NGS-menetelmä voi osoittautua aikaa säästäväksi ja kustannustehokkaaksi. Tässä tutkimuksessa kuvataan NGS-menetelmän pystytys ja käyttö rotaviruksen koko genomin sekvensoinnissa ensimmäistä kertaa Suomessa.