Comparison of snv genotyping sensitivity of next-generation sequencing with illumina's miseq and quantitative real-time pcr with fluidigm's biomark hd

Abstract

Yhden nukleotidin variantti-genotyypitys (SNV-genotyypitys) on menetelmä, jota voisi soveltaa rutiininomaisesti syöpä-diagnostiikassa. Sitä ei käytetä, koska teknologiat joita menetelmä hyödyntää ovat suhteellisen uusia. Genotyypitys-laitteiden tulee olla luotettavia ja tarkkoja, koska syöpä-DNA:n määrä kudosnäytteissä voi olla hyvin vähäinen. Formaliinilla kiinnitetyt ja parafiiniin valetut näytteet (FFPE-näytteet) ovat esimerkki kudosnäytteistä, joissa on pieni määrä DNA:ta. Toisen sukupolven sekvensointia (NGS) ja reaali-aikaista kvantitatiivista PCR:ä (qPCR) voisi mahdollisesti käyttää SNV-genotyypityksessä, kun kudosnäytteissä on pieniä määriä DNA:ta. Tässä tutkimuksessa genotyypitettiin näytteitä, joissa oli eri osuuksia syöpä-DNA:ta kahdella eri menetelmällä: NGS:lla Illuminan MiSeqillä ja qPCR:lla Fluidigmin BioMark HD:llä. Tulokset osoittavat, että MiSeq kykenee systemaattisesti havaitsemaan yhden nukleotidin variantteja näytteistä, joissa on 10 % syöpä-DNA:ta, joka tarkoittaa 22,5 ng DNA:ta. BioMark HD kykenee havaitsemaan yhden nukleotidin variantteja näytteistä, joissa on 20 % syöpä-DNA:ta, joka tarkoittaa 12,0 ng DNA:ta. Näiden tulosten lisäksi, BioMark HD on luotettavampi, koska se havaitsi kahdeksan kymmenestä variantista, kun MiSeq havaitsi vain neljä.