Kodonioptimoinnin vaikutus mykobakteeriantigeenien tuottoon aikuisessa seeprakalassa
JALILI-MONIR, AREF (2011)
2011
Lääketiede - Medicine
Lääketieteen yksikkö - School of Medicine
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Hyväksymispäivämäärä
2011-11-24
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-21926
https://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-21926
Tiivistelmä
Tämä syventäviksi opinnoiksi tarkoitettu työ on osa laajempaa tutkimushanketta, jonka tavoitteena on pystyttää seeprakalamalli mykobakteeriantigeenien seulontaan ja kehittää tältä pohjalta uudenlainen DNA-rokote tuberkuloosia vastaan. Tuberkuloosi on tällä hetkellä maailmanlaajuisesti eräs merkittävimmistä infektiotaudeista, jonka ehkäisyyn ja hoitoon haetaan yhä tehokkaampia ja turvallisempia keinoja.
DNA-rokotteen toimimisen kannalta on olennaista, että sen koodaamat proteiinit tuottuvat rokotteen saajassa tehokkaasti; yksi mahdollinen keino tuoton parantamiseen on bakteerigeenien optimointi (ns. kodonioptimointi) eukaryoottituottoa varten. Tutkimuksemme tavoitteena oli tarkastella kodonioptimoinnin vaikutusta kahden Mycobacterium marinumille ja Mycobacterium tuberculosikselle yhteisen antigeeniproteiinien ESAT6:n ja CFP10:n tuottoon seeprakaloissa. Molemmista antigeeneista valmistettiin kodonioptimoitu ja optimoimaton plasmidi-DNA-rokote, ja kutakin plasmidia injektoitiin yhteen kalaryhmään. Antigeenien ilmentymistä seurattiin niiden yhteyteen liitetyn GFP-sekvenssin (green fluorescent protein) kautta, jota tuottui samassa suhteessa kuin antigeeneja. Tutkimuksessa käytettiin pCMV-GFP – plasmidia, johon Kaisa Oksanen liitti edellä mainittujen antigeenien DNA-sekvenssit.
Tutkimus koostui porrasteisista työvaiheista: aluksi seeprakalayksilöt valikoitiin koon perusteella standardoidusti ja plasmidit konsentroitiin bakteerialustan kautta, jonka jälkeen varsinainen intramuskulaarinen injektointi suoritettiin. Tulosten arviointiin ja mittaukseen käytettiin SDS-PAGE:a, Western blottausta ja ELISA:a. Lisäksi kaloja tarkasteltiin fluoresenssimikroskoopin alla injektioiden onnistumisten arvioimiseksi. Antigeenitasot määritettiin GFP:n kautta.
Teettämämme tutkimuksen pohjalta emme voi suositella ESAT6:n ja CFP10:n antigeenisekvenssien optimointia tutkimushankkeessa, sillä mitatut erot eivät olleet merkittäviä eivätkä myöskään merkitseviä (p<0.05). Tarkempien arviointien perustaksi aiheesta tarvittaisiin kuitenkin suuremmalla otoskoolla ja normitetummin tapahtuva tutkimus.
Asiasanat:DNA-rokote, seeprakalamalli, tuberkuloosirokote, rekombinanttiproteiini, ESAT6, CFP10, elektroporaatio, SDS-PAGE, Western blotting, ELISA
DNA-rokotteen toimimisen kannalta on olennaista, että sen koodaamat proteiinit tuottuvat rokotteen saajassa tehokkaasti; yksi mahdollinen keino tuoton parantamiseen on bakteerigeenien optimointi (ns. kodonioptimointi) eukaryoottituottoa varten. Tutkimuksemme tavoitteena oli tarkastella kodonioptimoinnin vaikutusta kahden Mycobacterium marinumille ja Mycobacterium tuberculosikselle yhteisen antigeeniproteiinien ESAT6:n ja CFP10:n tuottoon seeprakaloissa. Molemmista antigeeneista valmistettiin kodonioptimoitu ja optimoimaton plasmidi-DNA-rokote, ja kutakin plasmidia injektoitiin yhteen kalaryhmään. Antigeenien ilmentymistä seurattiin niiden yhteyteen liitetyn GFP-sekvenssin (green fluorescent protein) kautta, jota tuottui samassa suhteessa kuin antigeeneja. Tutkimuksessa käytettiin pCMV-GFP – plasmidia, johon Kaisa Oksanen liitti edellä mainittujen antigeenien DNA-sekvenssit.
Tutkimus koostui porrasteisista työvaiheista: aluksi seeprakalayksilöt valikoitiin koon perusteella standardoidusti ja plasmidit konsentroitiin bakteerialustan kautta, jonka jälkeen varsinainen intramuskulaarinen injektointi suoritettiin. Tulosten arviointiin ja mittaukseen käytettiin SDS-PAGE:a, Western blottausta ja ELISA:a. Lisäksi kaloja tarkasteltiin fluoresenssimikroskoopin alla injektioiden onnistumisten arvioimiseksi. Antigeenitasot määritettiin GFP:n kautta.
Teettämämme tutkimuksen pohjalta emme voi suositella ESAT6:n ja CFP10:n antigeenisekvenssien optimointia tutkimushankkeessa, sillä mitatut erot eivät olleet merkittäviä eivätkä myöskään merkitseviä (p<0.05). Tarkempien arviointien perustaksi aiheesta tarvittaisiin kuitenkin suuremmalla otoskoolla ja normitetummin tapahtuva tutkimus.
Asiasanat:DNA-rokote, seeprakalamalli, tuberkuloosirokote, rekombinanttiproteiini, ESAT6, CFP10, elektroporaatio, SDS-PAGE, Western blotting, ELISA