<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><rdf:RDF xmlns="http://purl.org/rss/1.0/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/">
<channel rdf:about="http://trepo.tuni.fi:80">
<title>Trepo</title>
<link>http://trepo.tuni.fi:80</link>
<description>Trepo on Tampereen yliopiston avoin julkaisuarkisto.</description>
<items xmlns="http://apache.org/cocoon/i18n/2.1">
<rdf:Seq>
<rdf:li rdf:resource="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241101"/>
<rdf:li rdf:resource="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241099"/>
<rdf:li rdf:resource="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241097"/>
<rdf:li rdf:resource="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241091"/>
</rdf:Seq>
</items>
<dc:date>2026-10-14T12:31:25Z</dc:date>
</channel>
<item rdf:about="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241101">
<title>Phase Engineering of Nonlinear Optical Processes in Metasurfaces</title>
<link>http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241101</link>
<description>Phase Engineering of Nonlinear Optical Processes in Metasurfaces
Mekhael, Madona
Epälineaarinen optiikka kuvaa intensiivisen valon vuorovaikutusta aineen kanssa, mistä syntyvät prosessit kuten valon taajuudenkahdennus ja parametrinen vahvistus ovat keskeisiä ilmiöitä modernissa fotoniikassa. Perinteisten epälineaaristen kiteiden avulla toteutetut prosessit vaativat millimetrien paksuisia kiteitä sekä vuorovaikuttavien kenttien vaihesovitusta voimakkaiden epälineaaristen vasteiden saavuttamiseksi.&#13;
&#13;
Nanovalmistustekniikoiden kehittyminen on mahdollistanut keinotekoisten materiaalien valmistamisen, ja avannut mahdollisuuden valmistaa erittäin ohuita optisia elementtejä, joita kutsutaan metapinnoiksi. Nämä optisesti ohuet metapinnat ovat mahdollistaneet uusia keinoja muokata valon etenemistä, sekä valmistaa epälineaarisia komponentteja esimerkiksi valon taajuudenkahdennukseen.&#13;
&#13;
Metapinnat koostuvat nanomittakaavan rakenteista, joita kutsutaan meta-atomeiksi. Kunkin meta-atomin muotoa ja kokoa muuttamalla voidaan hallita vuorovaikuttavan valon amplitudia, vaihetta ja polarisaatiota nanomittakaavassa. Epälineaariset meta-atomit voivat samanaikaisesti vaikuttaa sekä perustaajuudella vuorovaikuttavan valon että epälineaarisesti syntyvän signaalin ominaisuuksiin. Metapintojen aallonpituutta ohuempi paksuus poistaa vaihesovitusvaatimuksen, mahdollistaen laajakaistaisen toiminnan. Kunkin meta-atomin optisen vasteen itsenäinen hallinta puolestaan mahdollistaa syntyvän taajuuskahdennetun valon vaiheen hallinnan metapinnan tasossa, avaten uusia toiminnallisuuksia kuten epälineaarisen holografian.&#13;
&#13;
Tässä väitöskirjassa kehitettiin menetelmiä hallita epälineaarisissa metapinnoissa syntyvän taajuuskahdennetun valon vaihetta kolmen kokeellisen työn kautta. Ensimmäisessä työssä metallisista nanorakenteista koostuvan metapinnan epälineaarista signaalia vahvistettiin kertaluokalla vaihesovittamalla pumppulaserin useita läpäisyjä. Toisessa työssä osoitettiin kuinka Pancharatnam–Berryn vaiheen avulla metapinnan vaihevastetta voidaan muokata yksinkertaisesti rakennetta kiertämällä. Kolmannessa työssä voimakkaasti epälineaarisesta litiumniobaatista valmistettujen nanorakenteiden resonansseja hyödynnettiin aallonpituusselektiiviseen valon poikittaismuotomuunnokseen. Yhdessä nämä työt ja tulokset osoittavat kuinka etenemis-, Pancharatnam–Berry- ja resonanssivaihekontrollimenetelmät täydentävät toisiaan hyödyllisinä työkaluina epälineaaristen metapintojen suunnittelussa.; Nonlinear optics describes the interaction of intense light with matter, giving rise to processes such as frequency conversion, parametric amplification, and all-optical modulation of light that are central to modern photonics. Traditionally realized in bulk nonlinear crystals, these processes require millimeters to centimeters of interaction length and careful phase-matching engineering to achieve efficient conversion. Advances in nanofabrication have made it possible to structure materials at the subwavelength scale, enabling a new class of ultrathin optical elements known as metasurfaces.&#13;
&#13;
Metasurfaces are planar collections of subwavelength nanostructures—known as meta-atoms—engineered to control the amplitude, phase, and polarization of light at the nanoscale. In the nonlinear regime, each meta-atom can act simultaneously as a resonant scatterer at the fundamental frequency and as a nonlinear source at the harmonic frequency. The subwavelength thickness of the metasurface prevents phase mismatch from accumulating, enabling broadband operation and relaxed material constraints. Crucially, engineering the optical response of each meta-atom independently enables control over the phase of the generated harmonic across the metasurface plane, unlocking functionalities such as nonlinear holography, vortex-beam generation, and spin- and wavelength-multiplexed wavefront shaping.&#13;
&#13;
In this Thesis, phase engineering of second-harmonic generation (SHG) in nonlinear metasurfaces is investigated through three experimental works. Phase-matched SHG is demonstrated in a plasmonic metasurface inside a multipass cell, achieving an order-of-magnitude signal enhancement. The nonlinear Pancharatnam–Berry geometric phase is exploited to enable post-fabrication spectral tunability of the nonlinear response through mechanical rotation. Finally, resonant phase control in a thin-film lithium niobate metasurface enables wavelength-selective spatial mode conversion of the generated harmonic while leaving the pump unaffected. These results establish propagation, geometric, and resonant phases as complementary tools for engineering nonlinear processes in metasurfaces, offering distinct capabilities toward efficient, reconfigurable, and multifunctional nonlinear flat-optical devices.
</description>
<dc:date>2026-01-01T00:00:00Z</dc:date>
</item>
<item rdf:about="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241099">
<title>Information Needs for Road Network Maintenance Backlog Management</title>
<link>http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241099</link>
<description>Information Needs for Road Network Maintenance Backlog Management
Hämäläinen, Anne
Tiestön kuntotilalla ja sitä kautta korjausvelalla on merkittäviä vaikutuksia tienkäyttäjien tyytyväisyyteen sekä esimerkiksi polttoaineenkulutukseen, ajoneuvojen korjauskustannuksiin ja saavutettavuuteen. Lisäksi tiestön kunto vaikuttaa meluun, onnettomuuksiin ja turvallisuuteen, joilla on laajempia seurauksia ihmisten hyvinvoinnille, alueiden kilpailukyvylle ja investointien houkuttelevuudelle. Korjausvelkaan liittyvät päätökset tehdään useilla eri tasoilla, mutta aikaisempi tutkimus on keskittynyt erityisesti operatiivisen tason tekniseen kuntotietoon sekä koneoppimisen hyödyntämismahdollisuuksiin.&#13;
&#13;
Tässä väitöskirjassa selvitetään ensiksi, millaista tietoa eri päätöksentekotasot tarvitsevat tiestön korjausvelasta. Toiseksi tarkastellaan, mitä teknistä kuntotietoa on tällä hetkellä käytettävissä, mitä niistä tarvitaan tiestön verkkotason seurantaan ja ennustamiseen, sekä missä määrin tietoja puuttuu. Kolmanneksi arvioidaan, miten eri päällystys- ja korjausmenetelmät vaikuttavat tien rakenteellista kuntoa kuvaaviin mittareihin. Tutkimuksen kaksi ensimmäistä osiota perustuvat asiantuntijahaastatteluihin, ja kolmas osa taipuma- ja uramittausanalyyseihin. Kohdemaana on Suomi.&#13;
&#13;
Tulosten mukaan kaikilla päätöksentekotasoilla kaivataan kattavampaa tietoa korjausvelan yhteiskunnallisista vaikutuksista sekä konkreettisempaa tietoa kustannustehokkaista toimenpideajankohdista. Teknisen kuntotiedon osalta erityisesti tien rakenteellinen kunto ja kuivatusrakenteiden ajantasainen informaatio kaipaavat täydennystä. Taipumamittausten perusteella masuunihiekkastabilointi vaikutti eniten tien pintaosaa ja koko rakennetta kuvaavien indeksien arvoihin, kun taas teräsverkkorakenne paransi eniten tien alaosan ominaisuuksia. Kaikki tarkastellut toimenpiteet paransivat kuitenkin rakenteellisia arvoja ja näin ollen pidentävät parannettujen osuuksien elinkaarta.&#13;
&#13;
Tutkimus edistää tiestön kunnossapidon hallintaa, tukee tietoon perustuvaa päätöksentekoa ja parantaa tiestön kunnon ennustettavuutta. Huomion kiinnittäminen korjausvelan yhteiskunnallisiin vaikutuksiin helpottaa lisäksi sidosryhmäyhteistyötä. Tutkimuksen tuloksia voidaan hyödyntää myös muissa ilmastollisesti vastaavissa tieverkoissa.; The condition of the road network, and thereby maintenance backlog, has significant impact on road user satisfaction as well as on factors such as fuel consumption, vehicle repair costs, and accessibility. In addition, road condition influences noise levels, accidents, and overall road safety, all of which have broader consequences for human well-being, regional competitiveness, and the attractiveness for investments. Decisions related to the maintenance backlog of roads are made at several levels, yet previous research has focused primarily on technical condition data possibilities at the operational level and most recently on the potential applications of machine learning.&#13;
&#13;
This dissertation first examines what types of information different decision-making levels require regarding the maintenance backlog of the road network. Second, it investigates which types of technical condition data are currently available, which of these are required for network-level monitoring and forecasting of condition changes, and where information gaps remain. Third, it assesses how various pavement and rehabilitation methods affect the structural condition index values of roads. The first two parts of the study are based on expert interviews, while the third part relies on analyses of deflection and rutting measurements. The study focuses on the Finnish road network.&#13;
&#13;
The findings indicate that all decision-making levels require more comprehensive information on the societal impacts of the maintenance backlog, as well as more information on the cost-effective timing of different maintenance measures. With regard to technical condition data, particularly information on structural condition and up-to-date data on drainage structures need improvement. According to the deflection measurements, blast furnace sand stabilization had the greatest effect on indices describing the performance of upper layers and the overall structure of the road, whereas steel grid reinforcement improved index values reflecting the performance of the lower structural layers. Despite these differences, all examined methods improved structural indicator values and therefore extend the service life of the rehabilitated road sections.&#13;
&#13;
This research contributes to the management of road maintenance, supports evidence-based decision-making, and enhances the predictability of road network condition. The results can also be applied to road networks in other regions with similar governance levels and climatic conditions.
</description>
<dc:date>2026-01-01T00:00:00Z</dc:date>
</item>
<item rdf:about="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241097">
<title>The One Who Speaks Last Speaks for All : Mediating Mechanisms at Play in the Indirect Translation of Multimodal Storybooks for Children</title>
<link>http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241097</link>
<description>The One Who Speaks Last Speaks for All : Mediating Mechanisms at Play in the Indirect Translation of Multimodal Storybooks for Children
Galletti, Chiara
Tämä tutkimus tarkastelee multimodaalisen lastenkirjallisuuden epäsuoraa kääntämistä, yleistä mutta usein unohdettua toimintatapaa, jossa taustalla toimiva käännösammattilainen ja tunnettu kirjailija tekevät yhteistyötä käännösprosessin aikana. Käännösammattilainen laatii ensin sananmukaisen käännöksen, jonka pohjalta kirjailija tekee epäsuoran käännöksen eli kertoo tarinan uudelleen kohdekielisille lukijoille. Tutkimuksen teoreettinen viitekehys ammentaa Chestermanin (2019) consilience-käsitteestä. Se tarkoittaa kirjaimellisesti tiedon yhtenäisyyttä, joka viittaa käsitteellisten siltojen rakentamiseen tieteenalojen välille ja yhteisten lähtökohtien löytämiseen erilaisten tieteellisten lähestymistapojen välillä. &#13;
&#13;
Käytännössä tutkimus asettuu käännöstieteen ja lastenkirjallisuuden tutkimuksen risteyskohtaan. Väitöskirjassa tarkastellaan muutamaa teosta esimerkkinä epäsuorasta kääntämisestä lastenkirjallisuudelle tyypillisenä ilmiönä ja esitellään epäsuoran käännöksen tekijä välittäjänä, jonka tehtävänä on kertoa multimodaalinen tarina uudelleen kohdekielisille lukijoille. &#13;
&#13;
Tutkimusasetelmassa yhdistyvät kontekstuaalisten tekijöiden ja tekstin analyysi. Kontekstuaalisesta näkökulmasta tarkastellaan toisaalta ympäristöä, jossa epäsuora käännösprosessi tapahtuu, ja toisaalta kirjailija-kääntäjän työn keskeisimpiä kognitiivisia ja kulttuurisia piirteitä. Tekstuaalinen näkökulma puolestaan kohdistuu epäsuoran käännöksen tekijän välittävään toimintaan, jota tarkastellaan vertailemalla käännösprosessin ensimmäisiä, käännösammattilaisen tekemiä sananmukaisia käännöksiä ja epäsuoria käännöksiä, jotka kirjailija-kääntäjä on laatinut niiden perusteella. &#13;
&#13;
Tutkimusaineistona on viisi kuvakirjaa, jotka italialainen lastenkirjailija Bianca Pitzorno on kääntänyt epäsuorasti eri ammattikääntäjien laatimien sananmukaisten käännösten avulla. Kuvakirjojen lähtökielet ovat ruotsi, kreikka, persia ja heprea, välityskielet italia ja englanti, ja käännösten lopullinen kohdekieli on italia. Tutkimusaineisto sisältää sekä julkaistuja dokumentteja (lähtötekstit ja lopulliset kohdetekstit sekä Pitzornon kirjalliset kuvaukset omasta käännöstyöstään) että julkaisemattomia dokumentteja (käännösluonnokset ja työmuistiinpanot). &#13;
&#13;
Verbaalisen kerronnan näkökulmasta tässä tutkimuksessa analysoidut kuvakirjat ovat kahden erillisen käännösvaiheen tulosta. Ensimmäisessä vaiheessa on laadittu alustava sananmukainen käännös joko lopullisella kohdekielellä (italiaksi) tai välikielellä (englanniksi). Tämä versio on tarkoitettu vain yhden vastaanottajan, Pitzornon, käyttöön. Toisessa vaiheessa Pitzorno on tehnyt epäsuoran käännöksen eli kertonut tarinan uudelleen käyttäen apunaan sananmukaista käännöstä. Tämä kirjan lopullinen käännös on suunnattu kaikille kohdekielisille lukijoille. Visuaalisen kerronnan näkökulmasta nämä tekstit muodostavat heterogeenisen joukon multimodaalisia kertomuksia. Jokaisen epäsuoran käännöshankkeen aikana kuvia ja kuvastoa on jäljennetty, järjestelty uudelleen ja luotu uudelleen eri tavoin. Tutkimuksen analyyttisenä työkaluna toimii Dallarin (2012: 49–51) viiden semioottisen koodin malli. Sitä hyödynnetään sekä yksittäisten epäsuorien käännöshankkeiden kontekstin tarkastelussa että vertailevassa tekstianalyysissä. Mallin avulla voidaan tarkastella verbaalisten, visuaalisten ja materiaalisten kerronnallisten osatekijöiden välistä vuorovaikutusta sekä tarinankerronnan eri toimijoiden keskinäisiä suhteita.&#13;
&#13;
Tämän tutkimuksen tavoitteena on luoda empiirisesti perusteltu kuva epäsuoran käännöksen tekijän “välityskoodista” (code of mediation)kartoittamalla sananmukaisten käännösten ja epäsuorien käännösten välisiä säännönmukaisia vastaavuuksia sekä tunnistamalla toistuvia käännösstrategioita ja merkityksen muodostumiseen vaikuttavia vuorovaikutusprosesseja. Samalla tutkimus pyrkii ottamaan huomioon tämäntyyppisen kääntämisen intratekstuaalisia ja ekstratekstuaalisia piirteitä sekä osoittamaan, miten merkitykset rakentuvat yhteistoiminnallisessa prosessissa, kun lapsille suunnattua multimodaalista kertomusta tulkitaan ja välitetään kohdekieliselle yleisölle. Lisäksi tutkimus osallistuu osaltaan keskusteluun multimodaalisten lastenkirjojen epäsuorasta kääntämisestä ja pyrkii tarjoamaan myös lähtökohdan sekä yleensä epäsuoraa kääntämistä että multimodaalisen lastenkirjallisuuden kääntämistä käsittelevälle tutkimukselle.; This research deals with the indirect translation of multimodal children’s literature: a relatively common but often overlooked practice that involves the mutual contribution of a behind-the-scenes translation professional and of an acknowledged storyteller. The theoretical framework draws inspiration from Chesterman’s (2019) idea of “consilience”: a concept that literally means “unity of knowledge” and that involves the construction of conceptual bridges between disciplines and the identification of shared ground between different approaches. &#13;
&#13;
In practice, the research situates itself at the crossroads between Translation Studies and Children’s Literature Studies. It explores some examples of indirect translation as a typical phenomenon of children’s literature and considers the indirect translator as a crucial mediating actor, who retells a multimodal story for the ultimate target language readers. &#13;
&#13;
The research design involves a dual analytical approach that reconciles a contextual perspective with a textual perspective. The contextual perspective takes into account the setting in which an indirect translation project takes place, as well as the most significant cognitive and cultural dimensions of the indirect translator’s mediation. The textual perspective refers to the indirect translator’s mediating performance, documented through the comparative analysis of the behind-the-scenes source-oriented translations and of the indirect versions. &#13;
&#13;
The empirical part of the research concentrates on a small-scale corpus of five multimodal storybooks that the Italian children’s author Bianca Pitzorno translated indirectly through source-oriented cribs produced by different translation professionals. The ultimate source languages of the stories are Swedish, Greek, Persian and Hebrew, the mediating languages are Italian and English, and the ultimate target language is Italian. The research material includes both published documents (ultimate source texts, ultimate target texts and Pitzorno’s written accounts of her translation work) and unpublished documents (translation drafts and working notes). &#13;
&#13;
From the point of view of verbal narration, the storybooks analyzed in this research are the outcome of two separate translations. The first translation corresponds to the preliminary draft, produced either in the ultimate target language (Italian) or in a pivot language (English), and designed for use by a single private receiver: Pitzorno. The second translation corresponds to the successive retelling, the indirect version, destined to the target language readers. &#13;
&#13;
From the point of view of visual narration, these texts constitute a heterogeneous selection of multimodal narratives. Each indirect translation project involved various instances of reproduction, rearrangement and recreation, in terms of images and iconography. &#13;
&#13;
A five-code semiotic model elaborated by Dallari (2012: 49–51) serves as the analytical tool for both the investigation of the context of individual indirect translation projects and the comparative textual analysis, allowing for an examination of the interactions between verbal, visual and material narrative components, as well as among the different storytelling actors. &#13;
&#13;
Ultimately, this research aims to reconstruct an empirically grounded profile of the indirect translator’s “code of mediation” by mapping regular correspondences between mediating texts and indirect versions and by identifying recurring strategies, shifts and patterns of meaning-making negotiation. In doing so, it seeks to account for the intratextual and extratextual dynamics of mediation and to show how meaning is co-constructed in the transmission and interpretation of multimodal narrative communication for children. By foregrounding the indirect translator’s role within this process, the study intends to contribute to ongoing discussions on the indirect translation of multimodal children’s storybooks and to provide a basis for further research into indirect translation and multimodal children’s literature in translation.
</description>
<dc:date>2026-01-01T00:00:00Z</dc:date>
</item>
<item rdf:about="http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241091">
<title>Genetic and Epigenetic Alterations in Prostate Cancer Evolution</title>
<link>http://trepo.tuni.fi:80/handle/10024/241091</link>
<description>Genetic and Epigenetic Alterations in Prostate Cancer Evolution
Virtanen, Tuomo
Eturauhassyöpä on maailmanlaajuisesti miesten toiseksi yleisin syöpä, ja sen hoitoresistentti muoto aiheuttaa merkittävän osan syöpään liittyvistä kuolemista. Pelkästään Suomessa yli 5000 miestä sairastuu eturauhassyöpään vuosittain. Eturauhassyöpä on hormoniriippuvainen syöpä, jonka toimintaa ohjaavat androgeenit eli mieshormonit. Näiden hormonien välittämää viestintää ohjaa androgeenireseptori (AR), joka on keskeinen proteiini normaalin eturauhassolun toiminnassa sekä eturauhassyövässä. AR on transkriptiotekijä, joka aktivoituu androgeenien vaikutuksesta ja säätelee lukuisten geenien toimintaa sitoutumalla geenien säätelyalueille. Eturauhassyövässä AR:n toiminta on uudelleen ohjelmoitu erilaisten epigeneettisen mekanismien avulla, ja AR-signalointi on muuttunut ajamaan syöpäsolujen kasvua ja elinvoimaisuutta. Epigeneettisen säätelyn ajatellaan olevan merkittävä tekijä eturauhassyövän kehityksessä. Keskeinen osa epigeneettistä sääntelyä on kromatiinin pakkautuminen ja järjestäytyminen tuman sisällä. Karkeasti jaoteltuna kromatiini on järjestäytynyt kahteen osastoon: aktiiviset genomin alueet sijoittuvat tuman keskelle, kun taas epäaktiiviset alueet sijoittuvat tuman reunoille kiinnittymällä tumalevyyn. Tällä järjestäytymisellä on merkitystä geenien säätelyssä. Miten tämä kromatiinin järjestäytyminen muuttuu eturauhassyövässä ja miten se liittyy AR-signalointiin, on huonosti tunnettu.&#13;
&#13;
Riippuvaisuus AR:sta aiheuttaa terapeuttisen heikkouden eturauhassyövässä, jossa AR:n aktiivisuuden alentaminen testosteronitasoja laskemalla aiheuttaa syöpäsolujen kuolemisen. Tämä heikkous on valjastettu hoidoksi, jota kutsutaan androgeenideprivaatioterapiaksi (ADT), jossa potilaiden testosteronitasoja lasketaan lääkeainein. Tyypillisesti hyvästä vasteesta huolimatta, eturauhassyöpäsolut lopulta kehittävät resistenssin ADT:lle, pääasiassa aktivoimalla AR:aa erilaisten mutaatioiden ja geneettisten muutosten avulla. Tätä resistenssiä muotoa kutsutaan kastraatioresistentiksi eturuhasshyöväksi (englanniksi &lt;i&gt;castration-resistant prostate cancer&lt;/i&gt;, CRPC). CRPC:tä voidaan hoitaa yhä voimakkaamilla lääkkeillä, jotka estävät AR:n aktiivisuutta (englanniksi &lt;i&gt;AR pathway inhibitor&lt;/i&gt;, ARPI). Vaikka lukuisia eri somaattisia geneettisiä muutoksia AR:ssä on tunnistettu, niiden kliininen merkitys ei ole täysin ymmärretty.&#13;
&#13;
Tämä väitöskirjatyö tutkii epigeneettisiä ja geneettisiä muutoksia eturauhassyövän kehityksessä ja kastraatioresistenssin muodostumisessa. Työn ensimmäisessä osassa kokosimme 3048 veriplasmanäytteen kohortin 1751:ltä CRPC potilaalta. Kartoitimme kattavasti AR:n somaattiset muutokset analysoimalla soluvapaata DNA:ta. Muutoksia AR:ssa havaittiin 84 %:ssa näytteistä. AR:n genotyyppi oli riippuvainen  somaattisista  mutaatioista  TP53-geenissä  ja  DNA-korjausmekanismeissa. Lisäksi mutaatiot W&lt;i&gt;nt&lt;/i&gt;-signalointireitissä liittyivät AR:n monistumiseen jossa AR hyödyntää vaihtoehtoista säätelyaluetta. Arvioimme eri AR-genotyyppien vaikutuksen ARPI-hoitovasteeseen ja tunnistimme rikastuman geneettisiä muutoksia, jotka poistavat AR:n ligandia sitovan alueen. Tämä aiheuttaa jatkuvasti aktiivisen version AR:stä riippumatta androgeeneistä. Potilailla, joilla oli havaittavissa näitä muutoksia, oli heikoimmat vasteet ARPI-hoitoon.&#13;
&#13;
Tämän lisäksi tutkimme kromatiinin järjestäytymistä eturauhassyövässä analysoimalla kliinisiä eturauhaskudosnäytteitä Hi-C-sekvensointimenetelmällä. Havaitsimme, että tietyt genomin alueet järjestäytyvät epäaktiivisilta alueilta tuman reunoilta kohti tuman keskustaa. Nämä muutokset liittyivät voimakkaampaan geenien ilmentymiseen ja aktivoituviin epigeneettisiin muutoksiin eturauhassyövässä. Erityisesti AR:n sekä muiden eturauhassyövän kannalta keskeisten transkriptiotekijöiden, kuten FOXA1:n ja HOXB13:n, sitoutumisalueet olivat rikastuneita näillä alueilla.&#13;
&#13;
Tämä väitöskirja syventää ymmärrystä eri AR-genotyyppien kliinisistä vaikutuksista ja tuo uusia näkökulmia AR-signaloinnin ja kromatiinin järjestäytymisen väliseen yhteyteen. Yhdessä tämä väitöskirja korostaa AR-signaloinnin merkitystä läpi koko eturauhassyövän kehityksen ja luo pohjaa uusille innovaatioille eturauhassyövän hoidossa.; Prostate cancer is the second most commonly diagnosed malignancy in men and a major cause of cancer-related mortality. Its progression is strongly driven by androgen receptor (AR) signaling, which prostate cancer cells exploit to sustain growth and survival. AR signaling undergoes rewiring during prostate carcinogenesis and is accompanied by widespread epigenetic reprogramming in prostate cancer cells.&#13;
&#13;
Dependence on androgens introduces a therapeutic vulnerability in prostate cancer. However, therapeutic targeting of the AR axis ultimately leads to treatment resistance and the emergence of castration-resistant prostate cancer (CRPC), often via somatic alterations upregulating the AR, highlighting the continued reliance on AR signaling in CRPC. The prevalence, clinical relevance and etiology of various AR alterations are not fully understood. Additionally, the epigenetic mechanisms underlying the transition to castration resistance as well as the mechanisms leading to tumor initiation are unclear.&#13;
&#13;
This thesis investigates the complementary genetic and epigenetic mechanisms driving prostate cancer evolution and therapy resistance. First, we characterized the landscape of somatic alterations at the AR locus using a meta-cohort of 3,048 circulating tumor DNA samples from 1,751 patients with mCRPC. AR alterations were detected in 84% of informative samples. We established a hierarchy of AR genotypes in terms of treatment response to AR pathway inhibitors. Notably, we define a class of AR ligand-binding domain–truncating rearrangements (ALTR4), which are under strong positive selection and confer resistance to AR pathway inhibitors. We further demonstrate that the genomic architecture of AR is shaped by the broader somatic context, including DNA repair defects and TP53 alterations, and identify a distinct Wnt-mutant subtype characterized by unique AR amplification structure incorporating an alternative enhancer. These findings provide a comprehensive framework for understanding AR-driven resistance and reveal clinically relevant diversity in AR genotypes among CRPC tumors.&#13;
&#13;
One layer of the epigenome is the spatial organization of chromatin within the nucleus. Chromatin is partitioned into distinct compartments that contribute to gene regulation by defining transcriptionally active and inactive genomic regions. The role of chromatin compartmentalization in prostate cancer and how it relates to AR signaling is poorly understood. We examined epigenetic reprogramming during prostate cancer progression focusing on chromatin conformation. Using integrated chromatin conformation (Hi-C), chromatin accessibility (ATAC-seq), and transcriptomic profiling (RNA-seq) from benign prostatic hyperplasia, primary prostate cancer, and CRPC, we identified widespread chromatin compartment switching between transcriptionally inactive and active chromatin compartments in prostate carcinogenesis. These compartmental changes are associated with coordinated prostate cancer-specific shifts in gene expression and epigenetic reprogramming and are retained in CRPC. Notably, AR and its cooperating transcription factors, including FOXA1 and HOXB13, were enriched in regions undergoing activating compartment switching, suggesting that large-scale chromatin reorganization is associated with AR cistrome reprogramming in prostate cancer.&#13;
&#13;
Together, these studies provide insights into the genetic mechanisms that sustain AR signaling in CRPC and the epigenetic reprogramming that accompanies prostate tumorigenesis.
</description>
<dc:date>2026-01-01T00:00:00Z</dc:date>
</item>
</rdf:RDF>
